种子法第四十二条规定：“因使用种子发生民事纠纷的，当事人可以通过协商或者调解解决。当事人不愿通过协商、调解解决或者协商调解不成的，可以根据当事人之间的协议向仲裁机构申请仲裁。当事人也可以直接向人民法院起诉。”根据这一规定，发生种子纠纷后，可以通过协商、调解、行政申诉、仲裁和诉讼五种途径来解决。
1、协商和解。协商和解是指在争议发生后，双方在平等自愿的基础上，自愿接触磋商，互相交换意见，互相谅解，通过友好协商，自行解决争议。协商是解决争议的重要方法，具有灵活、简单、速度快、效率高等特点。缺点是缺少强制约束力，经营者是否承担责任完全出于自愿，如果经营者无视法律规定，不履行法定职责，就容易发生推诿现象。
2、调解。调解是指经双方当事人的同意，在第三者的参与下，通过说服疏导工作，促进双方互相谅解，以解决争议的一种方式。调解与协商和解的最主要区别在于后者需要中立的第三方的参与。担任种子纠纷调解的第三方主要是各级种子管理部门和消费者协会等，当事人根据实际情况合理选择，一部门已经受理的，其他部门一般不再受理。调解应当以双方自愿为基础，一方申请，另一方不反对的，也认为是愿意接受调解。调解达成协议的应当制作调解协议书。协议书虽然没有国家强制力，但是当事人也应当积极履行。调解程序便利，处理灵活，也有利于维系双方的关系。
3、行政申诉。申诉是指种子使用者因购买种子后发生争议，在与经营者协商得不到解决时，直接向有关行政主管部门或者种子经营单位的上级部门投诉，请求对种子经营单位的违法行为给予制裁，对造成的损失给予赔偿。申诉是一种高效、快速、简便的争议处理方法。申诉把行政处理和纠纷处理有机地结合起来，具有一定的行政强制力，能够很好地保护种子使用者的权益。各级种子管理部门是政府授权管理种子的专业部门，受理种子使用者对种子案件的投诉。此外，受理种子投诉的机关还有工商行政管理部门和技术监督部门等。
申诉的程序：(1)种子使用者在损害发生后能够进行现场技术鉴定的时限内及时向当地县级种子管理部门投诉，递交投诉申请书，写明投诉的原因、证据以及要求。(2)种子管理部门接到投诉书后，经审查符合要求的受理投诉。要件不足的退回投诉，并说明理由。(3)投诉受理后，种子管理部门将投诉内容通知被诉人，要求被诉讼人就投诉内容提供答辩状。被诉人不提供答辩状的，不影响种子管理部门对案件的处理。(4)种子管理部门接到答辩状后，对案件进行调查，当事人应如实提供证据。(5)种子管理部门认为必要时，可以通知投诉和被诉双方当事人进行现场勘察，做好现场笔录。(6)种子管理部门在充分调查、掌握事实的基础上提出调解意见，组织双方当事人调解，制作调解协议书。(7)当事人不同意调解的，种子管理部门可以就纠纷事实作出处理决定，对有违法行为的当事人给予行政处罚。(8)当事人对行政处罚不服的，应当在60日内向作出处罚决定的种子管理部门的同级农业行政主管部门申请复议，也可直接向人民法院起诉。逾期不起诉又不履行行政处罚决定的，由作出处罚决定的行政主管部门依法向人民法院申请强制执行。
4、仲裁。仲裁是指争议双方当事人根据已达成的仲裁协议，将案件提交有关仲裁机构进行裁决的活动。我国仲裁法规定，当事人采用仲裁方式解决纠纷，应当双方自愿。没有签订仲裁协议一方申请仲裁的，仲裁委员会不予受理。达成仲裁协议后，一方向人民法院起诉的，人民法院不予受理，但仲裁协议无效的除外。仲裁的程序是：申请、受理、组成仲裁庭、开庭、裁决。仲裁比诉讼简单快捷，节省费用。仲裁也比较公正合理，并且仲裁一般不公开，有利于保守争议双方的秘密，维护商业信誉。
5、诉讼。诉讼是通过司法程序解决，即争议的当事人向有关审判机关起诉，由人民法院按照法律程序对争议进行审理后，做出有法律效力的裁决。审判机关的判决具有法律强制力，当事人必须履行义务。但是，时间长、费用高、程序复杂、举证要求较高是通过诉讼解决时必须考虑和权衡的因素。协商和解、调解、行政申诉不是处理种子纠纷的必经程序，当事人可不经任何程序(双方已经达成仲裁协议的除外)，直接向人民法院起诉。
