种子纠纷发生后，种子使用者只有提供了充分有效的证据，才能确保自己的合法权益得到及时维护。因此，注意保留和收集相关证据就显得尤为重要。
1、购种发票。发票是证明种子销售方和购买方之间买卖关系成立和权益受损后因果关系存在的有效证据。所以，购种时一定要向售种者索要发票。发票要写明具体的品种和数量，有特殊要求的应当在发票中注明。
2、种子的包装袋。包装袋内最好留有未种植完的种子样品。在购种数量比较多的情况下，最好留有未开袋的样品。
3、证人证言。即了解情况的证人就自己知道的事实所作的口头或书面的陈述。
4、鉴定结论和勘验笔录。在田间可以鉴定的有效时限内，及时邀请种子管理、农业科技等专业部门进行鉴定，出具鉴定结论和现场勘验笔录。
5、申办保全证据公证。保全证据公证是指公证机关根据公民、法人或其他组织的申请，对与申请人权益有关的、日后可能灭失或难以提取的证据加以验证提取，以保持其真实性和证明性的活动。当种子使用者发现有受损害的征兆，应在证据灭失之前，向公证部门提出申请，由公证部门通过照相、录像、取样等方法保留证据。
6、其他证据。除上述几种主要证据外，种子使用者还应注意收集一些有关的附属证据，它对主要证据具有有效的补充作用。如种子使用说明书、警示标识、种子经营者的承诺书、广告宣传品等。
