1963年9月27日，毛泽东在北京约请周恩来、杨成武、王恩茂等人，讨论新疆出现的问题，对新疆工作作了重要指示。他强调新疆地区要经常注意了解边境情况，加强边境地区反颠覆斗争。在毛泽东对新疆工作的指示中，最突出的是要做好新疆的经济工作。他指出：“在新疆，第一，要做好经济工作。农业、畜牧业、工业要一年比一年发展，经济要一年比一年繁荣，人民生活要一年比一年改善。发展社会主义建设事业要有积累，但积累不能过多；粮食要征购，但任务不能过重，征购不能过头。要减轻人民的负担，改善人民的生活”。毛泽东还特别指出：“新疆经济的发展和人民生活的改善，不仅要比国民党时期好，而且要比苏联好。”一再嘱托：“要在生产发展、经济繁荣、人民生活改善的基础上，加上政治挂帅，加强思想政治教育。要注意搞好民族关系，增强民族团结”。
毛泽东关于新疆工作的指示，虽然是针对当时新疆发生的“伊塔事件”及其所暴露的问题而讲的，带有那个时期的明显痕迹，但他坚持了实事求是，从新疆的实际出发，准确地阐明了民族团结与边防巩固的关系，经济发展与人民生活改善的关系，稳定与发展的关系，对新疆工作提出了总体上的战略要求，为确定新疆以后的工作方针起了重要的指导作用。
为了贯彻毛泽东的指示，自治区党委于1963年11月召开了工作会议。会议主要抓了两个方面的问题：一个是做好经济工作，认为做好经济工作的关键是要抓好自治区的农牧业生产。会议确定了自治区1964年农牧业生产的各项指标，同时也提出了过渡阶段（1963年－1965年）和第三个五年计划（1966年－1970年）时期自治区发展经济的奋斗目标；一个是加强政治挂帅，加强民族团结，会议强调加强各族人民的团结。同时，自治区党委采取措施，有针对性地加强民族团结教育，如加强了汉族干部和少数民族干部的双语学习，对进疆汉族青壮年及家属进行党的民族政策的教育等。按照毛泽东对新疆工作的指示，到1965年新疆国民经济胜利结束了调整，转向全面发展。1965年全区工农业总产值达到24．38亿元（按1957年不变价格计算），比1957年增长132．5％，其中农业总产值12亿元，比1957年增长98％；工业总产值12．38亿元，比1957年增长179．5％。
40多年来，自治区党委坚决贯彻执行毛泽东这一指示，已成为了自治区党委制定各项方针、政策的重要指导思想，最终形成了稳定和发展是新疆工作的时代主题的认识。毛泽东提出的“农业、畜牧业、工业要一年比一年发展，经济要一年比一年繁荣，人民生活要一年比一年改善”，已经成为新疆各族人民长期奋斗的目标。（自治区党委党史研究室供稿）:（责任编辑：高毅写信）
