藤森 1938年出生于秘鲁利马一个日本侨民家庭，父母祖籍日本熊本县， 20世纪 30年代初移居秘鲁。 1961年，藤森毕业于秘鲁国立农业大学农业工程系，随后获得美国威斯康星大学和法国斯特拉斯堡大学数学硕士学位。
1990年 6月，藤森当选秘鲁总统， 1995年和 2000年连续两次蝉联总统。藤森曾经政绩辉煌，大力推行改革，使秘鲁经济得到了迅猛发展。藤森反恐怖活动的“业绩”也曾为
人称道，在 1997年日本驻秘鲁大使馆的人质事件中，藤森成功地用武力解救了所有人质，被日本人奉为恩人。
但随着他反恐残酷手段、非法军火销售等问题曝光，藤森在秘鲁逐渐失去了民心。 2000年 9月，前总统顾问、国家情报局主管蒙特西诺斯收买反对党议员选票的丑闻败露，成为全国政治危机爆发的导火线，揭开了“藤森王朝”土崩瓦解的序幕。
两个月后，陷入四面楚歌的藤森利用赴文莱出席 APEC会议的机会在回国时转道日本，“寻求经济援助”并“治疗感冒”。 11月 19日，藤森突然宣布辞职，并表示要长期定居日本。同时，他还获得了日本国籍。
秘鲁政府对藤森提出了 21项指控，其中包括腐败罪名以及与一个政府“敢死队”杀死 25名民众有关的侵犯人权罪。同时，秘鲁国会在 2000年还做出了禁止藤森在 10年内担任公职的决议。 2003年，国际刑警组织根据秘鲁政府的请求对藤森发出“红色通缉令”。一旦返回秘鲁，藤森将面临包括谋杀、非法窃听及贪污腐化等 20项指控。据《中国日报》报道
