阿巴亥是女真乌喇部首领满泰的女儿，布占泰的侄女，生于明万历十八年（1590）。万历二十一年（1593），叶赫、乌喇等九部联合进攻建州，结果被努尔哈赤打得大败，九部皆元气大伤。
乌喇部的首领布占泰被俘，三年后才被释放。布占泰尝到了努尔哈赤的厉害，不敢再与建州作对。万历二十九年（1601）十一月，努尔哈赤毫不费力地灭了哈达部。唇亡齿寒
，哈达部的灭亡，更使布占泰心惊肉跳。他深知努尔哈赤雄心勃勃，早有吞并各部的野心，为保住乌喇，他决定将兄长满泰（此时已死）刚12岁的女儿阿巴亥嫁给努尔哈赤为妻。万历二十九年（1601）十一月，布占泰亲自送阿巴亥到建州，与努尔哈赤成婚。当时努尔哈赤已43岁，且已有了六七位妻妾。
幼小的阿巴亥不仅丰姿貌美，而且颇有机变。成婚后，很快就获得了努尔哈赤的宠爱。两年后，大妃孟古姐姐叶赫那拉氏（皇太极之母，后来被追谥为孝慈高皇后）病逝，努尔哈赤很快立阿巴亥为大妃。万历三十三年（1605）七月十五日，阿巴亥为努尔哈赤生下了第十二子阿济格，万历四十年（1612）十月二十五日，阿巴亥生下了第二十四子多尔衮，万历四十二年（1614）二月二十四日，阿巴亥又生下了第二十五子多铎。阿巴亥生的这三个儿子，努尔哈赤皆爱若珍宝，将作为后金根本的八旗军队中的三旗交给他们分别掌管。
