面前有一组照片，纪录了解放军工程兵部队在小洋山上点火爆破前，围着“姐妹石”用沙袋堆垒保护圈的场景。“姐妹石”是小洋山岛上的一个自然景观，两块巨石面对大海相互倚立，构成一个“人”字，造型险峻而秀美。关于“姐妹石”的稳定性及其保护，仅专家组提供的论文就有68页之多。为防止爆破施工震坏这一名胜，指挥部和工程兵部队动了不少脑筋，采取的措施达到了“万无一失”的程度。
保护环境是洋山深水港工程一以贯之的建设方针。10年前的论证就周密安排了环保方面的专题，专家论证结果是：港区建设对附近环境产生的影响有限；基本不影响舟山渔场的渔业生产。即使如此，指挥部仍在不断地改进施工方案，力图减少工程对生态环境的负面作用。他们组织海洋监测单位进行多次水下试爆，为制定炸礁方案提供科学依据。每次水下炸礁，不仅合理安排作业时间，回避鱼类产卵和索饵期，而且对炸药量进行仔细调整，采用“钻孔爆破”和“延时爆破”等先进工艺，减缓冲击波对东海鱼类的侵扰。从2004年开始，指挥部投入1200万元，在附近海域放流大黄鱼、黑鲷、日本对虾、梭子蟹、海蜇等苗种，意在通过增殖放流，加快恢复海洋生态环境。
小洋山岛属于嵊泗列岛国家级风景名胜区。深水港工程遵循“建设环保两不误”原则，从规划阶段起就要求施工应避开岛上的自然和人文景观。进入港区的高架道路原已定为“开山方案”，且获得了批准。
但为了充分保护原始地貌，使美丽的小洋山脉不致中断，指挥部决心将“开山方案”调整为“隧道方案”。隧道设计得紧凑而简洁，4条大口径隧道和1条管线隧道，“浓缩”于113米长的范围内。隧道为此采用了先进的“复合式中墙双连拱”结构，成为全国第一座小间距群洞隧道。工程比原方案多投入了资金6000万元，不仅保护了山体完整，而且为小洋山脉增添了一个新的景观。
