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“十五”期间，我国启动了“农产品深加工技术与设备研究开发”重大科技专项。专项重点围绕大宗粮油、果蔬、畜产品、林产品等主要农产品开展研究与开发。这是新中国成立以来，我国在农产品加工研究领域投入力度最大，研究面最广、最深，涉及学科最宽，参与科技人员最多，技术集成度和产业化程度最高，带动和示范效应最明显的一项系统工程。专项的实施为全面提升农产品加工产业的技术水平和科技创新能力提供了有力支撑。
该专项由科技部联合农业部、教育部、国家粮食局、国家林业局和国家质检总局等有关部门，于2001年启动。专项通过招投标方式，以农产品加工龙头企业为主体、高等院校和科研院所为支撑，共同承担科技攻关任务。共投入资金12亿多元。截至2005年底，专项已获综合经济效益185.2亿元，带动农民直接增收54.3亿元，并获得大批科技成果。
专项实现了一系列农产品加工关键技术与设备的重大突破，构建并完善了主要农产品深加工的标准与全程质量控制体系，在农产品快速检测技术与仪器研究开发、农产品加工业技术创新支撑体系建设等研究领域取得了突破性进展。
在重点推进、全面发展的同时，专项攻克了膜分离技术、物性修饰技术、无菌冷灌装技术、冷榨技术、浓缩技术、冷链技术等一批农产品深加工关键技术难题，开发了冷却肉、大豆分离蛋白、浓缩苹果汁等一批名牌产品。
此外，专项还建设了一批科技创新基地和产业化示范生产线，培育了一批具有较强创新能力的农产品深加工企业和科学家队伍，储备了一批具有发展潜力和市场前景的技术，建立了主要农产品加工全程质量控制体系，提出了我国农产品加工跨越式发展战略。
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