吕祖谦学问渊博，著作宏富，经他手定的著作约有57种，现存32种。但是，由于吕祖谦过早谢世及元以后“朱学”独尊，他的大部分著作未能得到很好的整理，逐渐散佚。2001年11月，金华市政协与浙江师范大学通力合作，开始筹划整理、出版《吕祖谦全集》。2005年《吕祖谦全集》第一册、第四册、第八册出版发行。
《吕祖谦全集》的出版对于整理保存文献具有重要意义。吕祖谦的著作散失颇多，
即使其传世的著作，也不尽完整，如《东莱集》;有的流落海外，如《欧公本末》。吕祖谦去世后不久，即有《东莱先生集》传世，但是其书“真赝错杂”。吕祖俭编订《吕东莱太史集》15卷;后吕祖俭之子吕侨年又辑缀家范、尺牍、读书杂记等为《别集》16卷;后又将一些未刊稿汇集编为《外集》5卷;并将年谱、遗事、哀诗、师友等祭文编为《附录拾遗》一卷，共40卷。此书现存有宋刊本，元明以后又多次递修。民国胡宗楙《续金华丛书本》据宋本重刻，复用多种宋本校勘，考校异文，做了很多有价值的工作，当然有很多未收的佚文。而《吕东莱文集》的点校者黄灵庚先生根据《四库全书》、《永乐大典》及金华等地的方志又辑得吕祖谦佚失的诗文60多篇，从内容、文风和遣词造句等方面考证这些佚文，可以确定为吕祖谦所作。所以《吕祖谦全集》第一册刊印的《吕东莱文集》把这些佚文作为附录，系于四十卷之末。又如《欧公本末》是吕祖谦淳熙八年编订的重要史乘，但流落日本静嘉堂文库，不为人知，所以很多人认为此书已经亡佚。对照现行的《欧阳文忠公全集》，可以发现《欧公本末》中保存了很多欧阳修的佚文，这对进一步研究欧阳修以及当时的历史、人事提供了重要的资料。而今，日本学者难波征男寻得此书，并且列入《吕祖谦全集》第九册的出版计划，使海内外学者得以重睹宋刻孤本《欧公本末》的真面目。
其次，对确定吕祖谦的学术地位提供文献依据。尽管吕祖谦在宋代与朱熹、张栻并称东南三贤。但现在学者有时把他排在陈亮之后。其实，吕祖谦可以说是浙东学派的奠基人。吕祖谦曾在武义明招山创立丽泽书院，与岳麓书院、白鹿洞书院、象山书院并称南宋四大书院。所以全祖望说“明招学者，自成公(吕祖谦)下世，忠公继之，由是递传不替。……而明招诸生历元至明未绝，四百年文献之所寄也。”吕祖谦还与陈亮、薛季宣、陈傅良、叶适等人的关系密切，亦师亦友。陈亮尊奉吕祖谦为“道德一世师表”。吕祖谦的这种学术地位没有得到大多数人的认可，与吕祖谦的著作没有被人广泛研究有一定的关系。如吕祖谦《吕东莱书说》，世传两种刊本，常见的是东莱门人时澜增补的35卷《增修吕东莱书说》，此外，还有其门人巩丰所抄的16卷本则不为世人常见。两相对照，颇多不同之处。从巩丰本《书说》的语气可以断定《尧典》以下也是吕祖谦课生徒的讲稿，只是没有整理成书，而巩丰的手抄本就是吕氏当时讲课的笔记，所以其语气与吕祖谦的原话最为接近。《吕祖谦全集》把这两种《书说》刊刻在一起，可以促进学者对吕祖谦的学术思想研究进一步深入，对于确认吕祖谦的这种学术地位具有重要作用。
