而另一方面，网络的安全性、知识产权保护等问题同样困扰着我国方兴未艾的电子出版业。出版社和作者对网络出版的安全性一直存有顾虑，出版社害怕网上的电子书文档丢失、被删改或被盗版，不敢轻易涉足。而作者由于对网上普遍存在的抄袭、盗版现象存有顾虑，也不愿签电子版版权的转让合同。喜欢电子书的读者不能在第一时间看到电子版的新书，折射出网络出版业发展的一大瓶颈。同时，读者会受到网络不稳定、病毒肆虐的困扰，以及担心网上付费的安全性得不到保障。
对于网络出版与传统出版的关系，业内人士普遍认为需要将两者有机地结合起来。“对于纸质图书来说，电子图书更多的还是起着促进作用。网络资源的介入可以使纸质图书得到更好的推广。”北大方正集团IT软件事业部华东区总经理魏国华这样说。而以四川大学出版社为例，该社2004年出版纸本书450种，相应的电子版图书441种，所占比重达98％，事实表明，同时出版电子图书并没有影响纸质图书的发行，反而令图书的销量有所提高。“盛大网络”的吴文辉说得更加直白：“网络出版至少可以让读者找到所需要的书，让出版社的书找到目标读者。纸质图书实际上在借助网络资源推广，也有很多网络出版资源借助纸质书籍的热销得到延伸。”
清华同方的中国学术期刊网主要做学术期刊，在不到10年的时间里，基本上把学术期刊的整个资源，甚至从创刊号开始的全部论文整合到平台中。网络出版能够快速整合传统出版物的资源，其潜力不可估量。寇晓伟指出，在互联网时代，谁能很好地整合资源，谁就会拥有市场。
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