目前，我国在生态保护领域面临着一个很大的政策困境。例如，在自然保护区等重要生态功能区的保护方面，存在着保护与发展的尖锐矛盾；在流域生态保护和污染防治方面，上下游之间存在着保护效益的无偿占有、或者破坏代价的不合理承担；在自然资源开发过程中，不仅引起了生态环境的破坏，而且还殃及到开发地群众的生产和生活；在计划经济及其向市场经济转轨过程中，国家从资源开发地区拿走了大量廉价的自然资源及其初级产品的同时，却把生态破坏和环境污染留给了当地，当地又没有力量偿还历史欠账。
在这些问题中，一个共同的特点是:要保护生态环境，就必须在保护中调整相关方的经济利益关系，或者说是通过调整经济利益来激励保护行为，仅仅依靠行政管制手段是很难奏效的。需要建立以调整相关方经济利益关系和激励为目的手段来解决，这就是生态补偿机制。从环境经济学角度看，它是一种将社会经济活动产生的环境正外部性和负外部性内化的机制，是一种激励保护行为的手段，同时兼具融资功能；从社会学角度看，它是调整环境行为背后的经济利益关系，促进社会公平的工具；从资源经济学角度看，它是将环境资源和生态服务功能价值化与市场化的方法，是使自然资本不断增值的制度安排。
正是基于生态补偿机制这些重要的多功能特性和作用，在落实科学发展观和建立和谐社会的形势下，中央高度重视建立生态补偿机制问题。去年以来，温家宝总理在人大会和中央民族工作会议等场合，多次强调要建立生态补偿机制。《国务院关于落实科学发展观加强环境保护工作的决定》和《国民经济和社会发展第十一个五年规划纲要》，已将建立生态补偿机制列为重要任务。
目前，在国家层面有一些类似生态补偿机制的政策，但许多相关政策在设计上并不是以生态补偿为目的；兼具一定生态补偿功能的一些政策，也并没有为生态补偿服务；一些以生态补偿为目的的政策，如退耕还林还草、天然林保护和公益林补偿基金等，尚有很大的改进空间；而且，总体上呈现出生态补偿政策部门化和效果分散化的特点。在地方，不少省市正在积极探索建立生态补偿机制问题，在利益主体比较容易界定的中小流域、城市水源地保护和个别种类的矿产资源开发过程中的生态补偿方面取得了一定的进展，探索出了一些较好的财政和市场手段，积累了经验。但由于缺乏法律依据和国家层面的协调机制，在生态补偿的方法和标准方面也没有足够理论知识，各地的实践探索较难取得新的进展。
总体上，目前我国开始系统研究和逐步建立国家生态补偿机制具备了坚实的政治意愿、强烈的社会需求、初步的实践经验和较好的理论储备。在政策研究层面，先要弄清楚两个基本问题:一是为国家勾画出建立生态补偿机制的战略框架，包括需要引入补偿机制的问题类型、优先领域、补偿的基本原则和政策框架；二是就一些优先领域，研究出建立生态补偿机制的具体方法、标准和实施程序等。中国环境与发展国际合作委员会于2005年成立了中国生态补偿机制与政策课题组，以上述两个问题为目标正在开展研究，今年年底前向国家提出相关政策建议报告。在实践层面，国家可以先选择城市饮用水源地、一个地方政府(省市)辖区内的中小流域、煤炭和石油开发等领域开展试验示范。在试验示范和研究的基础上，国家可以逐渐建立完善的生态补偿政策体系。
