作为“法缘相循”中很重要的一部分，接下来重笔介绍和模拟的是海峡两岸共御西方殖民者的内容。一幅郭怀一领导起义的油画，引领我们进入共同抗击外侵的历史。接着是我们可看到振奋人心的一幕：郑成功接见荷兰谈判代表团的照片，旁边是郑成功军队使用的铁炮、郑荷缔结合约的文本以及郑成功腰带玉饰等文物展览。为纪念郑成功闽台各地为其雕塑、建庙、建祠，展馆还配上了这方面的照片。
“法缘相循”的结束部分是“抗击日本侵略者”的史实纪录。陈列中纪录抗日事件、台湾民众反对割台斗争的历史资料，抗战的历史人物照片，两岸人民不屈不挠的斗争，抗战的医疗器械，再现了这段历史，也鼓舞了人心。其中有一处尤其令人感动的场景：一棵大树干上，树皮被刮掉，留出白色的部分，上面用石头刻上的字依然清晰，“过路的族人：请带口信给深山中牡丹社族人，他们的战士浴血奋战，全部阵亡，没有一个人离开守卫的石门。”原来这是1874年台湾牡丹社族人抗击日本侵略的“牡丹社事件”中的情景。博物馆还模拟台湾民众反对割台的斗争中台北市民鸣锣罢市的场景：酱铺、酒铺大门紧闭，两个铜人一前一后抬着一个大锣，敲锣罢市，感应装置则用闽南话播放着“罢市”的叫喊。
在“法缘相循”部分的结尾，1945年陈仪和安滕吉利签订协议光复台湾的蜡像栩栩如生，甚至达到以假乱真的程度，而他们的表情和动作更是耐人寻味。
