人难进、进难留及人才机制问题给“两院”带来的弊端显而易见。
全日制法律本科生少，知识结构不合理。虽然全省“两院”本科以上学历比例大幅提高，但成人教育培养的多，正规院校毕业的少，全日制法律专业本科毕业生更少。滁州市法院全日制法律专业本科生只占6．7%%。合肥市全日制本科毕业生法官只占9．6%%、检察官仅占4．6%%，只有25人！“两官”素质有待全面提高。
一线办案力量严重不足，“两官”超负荷工作。目前，全省法院法官年均办案近60件。明光市法院4个法庭仅有13名审判员，年人均办案138件。合肥市1名书记员要应对四五名法官承办的案件，1名法官2天左右要办结一件案件。长期以来，“两院”干警加班加点已成常事，有些法院实行每周6天工作制，很多干警长期处于超负荷工作状态，健康状况堪忧。
法官、检察官受到的干扰较多。“两官”编制由政府主管部门核定审核，升迁、工资待遇、奖罚、退休、离任辞退等都按行政制度执行，办案中受到外界压力和干扰大，难免出现案件裁判不公、久拖不决现象，社会影响差；极少数法官违法审判、执行，有的甚至枉法裁判。阜阳市法院1998年以来有13人受到立案查处，去年以来9人被开除党籍；阜阳市检察院2002年以来，14人受到处理。这些现象都严重损害“两院”和“两官”的形象。
