由于人为肆意采伐、过度放牧、旅游开发等原因，新疆近20种珍贵的野生植物种群数量近年正在急剧下降。其中，瓜类野生植物等一些珍贵野生植物物种已濒临灭绝。
来自《新疆植物志》的数据显示，新疆共有近4000种野生植物资源，按用途可分为野生食用植物(包括野生饲用植物)、野生种质资源、野生药用植物、野生工业用植物及野生花卉五种。其中实际能利用的有1000多种，已经开发利用的有100多种。
新疆植物学会一些学者专家多年考察和研究发现，目前，新疆已开发利用的100多种野生植物中，有近20种野生植物正面临着严峻的生存考验，种群数量大幅下降。如甘草类的胀果甘草、乌拉尔甘草、光果甘草，贝母类的紫花贝母与伊贝母，以及麻黄、肉苁蓉、阿魏、紫草、雪莲、秦艽、野瓜类、新源假稻、盐生桦、粟草、鸭茅、梯牧草等。它们主要是野生药用植物和野生饲用植物。
俗称“沙漠人参”的寄生药材肉苁蓉，以前可以在昌吉市、吉木萨尔县等地看到大片大片地生长，但由于遭到人为的滥采滥挖，现在成片的肉苁蓉很少见了。同时，肉苁蓉是一种沙漠植物的寄生药材，采挖一株肉苁蓉就要破坏三平方米的沙漠植被，严重破坏了生态环境，加速了沙漠化的扩展。
新疆林业厅野生动植物保护处相关负责人说，目前还没有详细数据表明新疆野生植物物种减少及消亡的具体数量，但在一些普查中已明显发现一些野生植物的种群(在一定时间和空间内，同种生物的总和数量)在大幅下降。这位负责人同时说，每年新疆各类保护区的工作人员都要处理很多未办理《准采证》的非法采挖者，但由于《野生植物保护条例》还没有正式出台，工作人员只能按照《保护区条例》中的规定对这些非法采挖者进行很轻的处罚，无非是没收采挖的非法所得及采挖工具，对待这些非法采挖者没有强硬的制约措施，所以出现非法采挖屡禁不止的现象。
