起诉书在陈水扁犯行部分主要叙述如下：被告陈水扁在“国务机要费”中教唆部属伪证、伪造证据，并多次提出虚伪事实掩饰犯行，冀求脱罪，毫无悔意。

　　在龙潭购地弊案及洗钱案中，极力撇清罪行，甚至把罪责推卸给无奈配合的公务员，品行欠佳。又因贪渎获取的不法利益庞大，严重破坏公务体制的正常运作，危害非轻。

　　其（扁）通过复杂手续洗钱至海外，非动用“司法”互助，无法追查，犯罪手段恶劣。而贪渎所得明知系留由陈致中等子女私用，竟以从事海外公共事务为词狡饰，犯罪后之态度不佳，贵为领导人，非但无法为民表率，甚至贪渎丑闻，流传“国际”，犯罪所生之损害深重，请审酌其辜负民众付托之程度，依其宣誓誓词，给予最严厉之制裁，并请褫夺公权。