至于扁家有多少不法所得，起诉书指出，陈水扁与吴淑珍共同诈领及侵占之“机要费”共计新台币1亿415万2395元；又利用职权借科学园区管理局于2003、2004年间以“先租后购”方式，由“政府”向达裕公司价购坐落龙潭科技园区范围内之土地并变更为科学工业园区部分，与其配偶吴淑珍及居中牵线之蔡铭哲、当时担任科学园区管理局长之李界木等人，共同收贿美金1198万元(约新台币4亿元)，其中陈水扁、吴淑珍共分得贿款新台币1亿元及美金600万元；吴淑珍于2003、2004年间，透过蔡铭哲居中牵线，协助力拓公司董事长郭铨庆，取得“南港展览馆新建工程”标案，并于2004年12月1日收受郭铨庆交付之贿款美金273万5500元(折算新台币9180万9398元)；另外，陈水扁利用职权，与吴淑珍共同向辜仲谅索款而贪污之款项合计新台币2亿9000万元。

　　起诉书表示，陈水扁、吴淑珍就上述犯罪之不法所得，总计为新台币4亿9415万2395元及美金873万5500元。