在方舟子遇袭的博文发出后1小时内，该条博文被转发7000余次，网友评论达4400余条。

　　该事件被广为传播后，舆论立刻分裂为两大阵营。

　　“挺方派”的代表人物有司马南以及柴静、闾丘露薇等著名媒体人。

　　司马南在微博中说：“方是一介书生，也为当代勇士，他扮演着科学啄木鸟的角色，捍卫着社会的正义，艰难地守着社会良知的底线。方舟子的遇袭，岂是他个人的悲剧”

　　中央电视台记者柴静则表示：“方先生行文说话风格有争议，但作为记者，我认同他‘对真相要有洁癖’的说法。方舟子观点并不代表正确，但唯有更精确的事实才能辩驳他，唯有如此辩驳，才能保证科学本身‘只问是非，不计利害’的自由。”

　　闾丘露薇也发表微博支持方舟子：“公民被打，执法机构都有责任调查，缉拿凶手，司法机构都有责任给予违法者法律制裁，不管是因为私人恩怨纠纷还是打击报复。而方舟子被打，因为他一直做的事情，很明显是属于公共事件，更需要给公众一个真相。”

　　当然，“倒方派”也有自己的众多支持者。

　　网友Jack_Leung在微博上表示：“原本是很普通的治安事情，他却放到微博引人注意。根本没有证据表明是报复，伪打假的方舟子，炒作成分不得不疑。”

　　网友“穿山越水”则称：“方舟子被打了，炒作啊炒作！打假不是坏事，但借打假之名全盘否定别人，招摇过市提升自己，未免显得别有用心。”

　　方舟子此前接受媒体采访时曾说：“我批评别人，用什么样的言语批评，是言论自由。把所知的事实真相说出来，大家都可以来！有人说我是‘学术警察’，错了，我们有本质的区别，我没有权力，最多只是‘见义勇为’。”