2009年5月7日，科学技术部与内蒙古自治区人民政府部区会商工作制度议定书签字仪式暨第一次部区会商工作会议在呼和浩特市举行，标志着科技部与内蒙古自治区全面合作机制正式启动。全国政协副主席、科技部部长万钢和内蒙古自治区党委副书记、政府主席巴特尔共同签署了部区会商工作制度议定书，并作重要讲话。会议由科技部副秘书长王志学主持，内蒙古自治区人大主任、党委书记储波，自治区党委副书记、主席巴特尔，党委副书记、政府常务副主席任亚平，党委常委、呼和浩特市委书记韩志然，党委常委、秘书长符太增，政协副主席娜仁，政府秘书长乌兰巴特尔等领导出席了会议。

    根据科技部、内蒙古自治区达成的部区会商工作议定书，部区主要在五个方面开展合作：一是推进煤炭、稀土等特色资源的开发与高效利用；二是推动可再生能源的试验开发和产业化示范；三是共建“中国北方绿色生态屏障”，保障经济社会的可持续发展；四是加快农牧业科技创新，推动百亿斤粮食丰产工程和千万吨绿色畜产品安全生产工程；五是推动区域国际合作交流与技术转移平台建设，推动中俄蒙科技合作。

    内蒙古自治区巴特尔主席表示，科技部与内蒙古建立部区会商制度是科技部加强与地方互动、落实国家科技发展战略的务实之举,也是推进区域创新体系建设、促进内蒙古自治区经济社会发展的重要抓手。巴特尔主席强调，部区会商为双方搭建了加强沟通的纽带、深化合作的桥梁，内蒙古自治区将以会商会议精神为指导，进一步细化工作思路，实化工作内容，强化工作措施，以更高的热情、更大的力度，把议定事项落实好，着力建设创新型省份，为经济社会的又好又快发展提供有力支撑。

    科技部万钢部长在讲话中充分肯定了内蒙古自治区科技工作取得的显著成就。他指出，目前内蒙古自治区正处于科技发展的跃升期，科技工作富有特色、勇于创新、成效显著。科技部将以部区会商为平台，加强与内蒙古自治区的合作与互动，共同争取新的突破，谋划更大的发展。他强调，我们要切实落实会商议定事项，不断完善合作机制，创新合作形式，丰富合作内涵，扩大合作成效，为内蒙古科技创新能力提升和经济社会发展做出实实在在的贡献。