作为食用菌产业链条上的终端，发展精深加工才是食用菌产业的根本出路，更是提高食用菌产品附加值，保障和增加广大菇农收入的根本出路。
据了解，目前我市食用菌加工企业绝大部分停留在粗加工上。同时，由于国家没有行业加工标准，生产中出现了乱用药物导致药物残留问题，给出口造成了影响。而粗加工生产的并非是高附加值产品，因此菇农及行业本身也没显现出高效益来。
从目前我市食用菌产业发展上看，精深加工还只是起步阶段。食用菌的价值远不在目前的盐渍及鲜品上，如能将食用菌中的氨基酸、蛋白质、有机锗、荷尔蒙等营养成分提取，广泛用于医药、饮料、保健品、化妆品、食品等行业，将会产生巨大的经济价值。因此，一些业内人士指出食用菌最大的前景在于产品的精深加工。
大连俊佳生物开发有限公司去年从日本引进了素有“菇王”之称的舞茸菌种，在庄河试种成功，当年便建立起100多亩的种植基地。由于舞茸药用价值极大，目前市场价格不菲，所以发展前景极其广阔。今年，这家企业又建立起6条食用菌精深加工生产线进行各种食用菌的精深加工。据该公司董事长董炳健介绍，仅以舞茸与滑子蘑相比，舞茸的市场收购价便是滑子蘑的3倍还多，加上公司提供技术服务和“订单”式生产，可以说菇农们的利益是有保障的。但目前舞茸的种植面积还远远不够，无法满足企业精深加工的需求，年加工食用菌6万吨的精深加工生产线只好部分开工。
有关专家指出，我市的食用菌产品主要以出口为主，深加工产品少，加工深度不够，消费面窄，主要表现在大众消费的休闲食品、即食食品少，能增加食用菌营养吸收的膨化食品也待大力开发。
