2004年7月，双城市启动全省全部免征农业税试点县工作。从那时起，这个全国农业大县、全省财政强县，就肩负起为全省改革探索模式、创造经验，进而指导全省乃至全国改革的重任。经过半年多的努力工作，双城市全部免征农业税改革基本结束，实现了确保农村基层组织高效运行，确保了农村义务教育经费正常需要，确保了农民负担不反弹的改革目标。
但是随着改革的深入，原有的一些矛盾和问题突出出来。双城市在向国家有关部门的
情况汇报中，把乡村集体收入减少、乡村债务无力化解、县级财政负担加重列为当前最紧迫的三大问题。
据双城市农经站的调查统计，2003年双城市农业税计征总额为7025万元，其中：正税5854万元，附加1171万元。免征农业税后，上级财政按原农业税计征总额88%给予转移支付资金6182万元，其中：正税补助5152万元，附加补助1030万元，由此形成资金缺口843万元，其中乡级缺口702万元，村级缺口141万元。另一方面，免征农业税前，多数乡镇还有一部分“帮忙地”，可以多收入一块，弥补资金不足，可以保支出，保运转，全市24个乡镇未纳入农业税决算的耕地32万亩，全部征收了农业税，免征农业税后，年均减收818万元。两项合计，乡村减少收入1661万元。其结果是，乡村两级收入减少，乡镇机构和村级组织运转困难。
“一方面乡村收入减少，另一方面县级财政支出增加，即使是双城这样的财政收入大县，也力不从心。”一直参与指挥免征农业税改革试点工作的副市长刘士文说出了心里话。他说，双城市五保户人员现有2680人，比4年前增加1850人，村均11人，这项转移支付资金省里少给165万元。独生子女补助年均支出增加到414万元，省核定支付资金缺口199万元。社区下岗失业及无职业人员现有独生子女12123人，年需资金145万元，没有来源。全市农村居民享受低保人员有9370人，年人均补差280元，共需资金262万元，省给补助50%，还有131万元资金缺口。国家出台政策增长工资，省里只给补助工资增长额的61%，地方要解决39%，2002年以来增补4680万元，市乡两级财政无力解决。另外，全市农村义务教育经费不足，需要上调。2004年全市农村初中和小学在校学生人均公用经费249元，远远低于省定公用经费标准（初中354元，小学305元）。
免征农业税后，乡村巨额债务浮出水面，偿还能力弱化解债务难，使集体经济和广大农民承担着巨大的经济压力和精神负担，严重影响着农村的改革、发展和稳定。目前，双城市乡镇负债总额1.1亿元，平均每个乡镇负担460万元，个别乡镇甚至超过千万元。全市村级负债总额2.6亿元，村均106万元。乡村债务巨大，成因复杂，国家出台的一些政策及省市政府的各种达标活动是主要成因，真正属于管理原因的债务不到总额的1/20。近年来，双城虽然采取多种措施，加大化解乡村债务的力度，但从目前看，乡镇财政增收缓慢，负债村能顶债的资源、资产几乎用光，化解乡村债务的能力越来越小。
市经管站负责人王广谱认为，双城免征农业税出现的新问题，在全市、全省都具有代表性。因此，国家不出台新的政策，包括双城在内的任何县（市）都不可能自己解决问题。
他说，从当前的情况看，国家和省、市应进一步调整财政支出结构，逐年加大向农业和农村的投入力度，重点向农村教育、文化、卫生、基础设施、生态环境建设方面倾斜，加快农村公共设施和社会公益事业发展，缩小城乡差距。这样做可以减轻县级财政支出压力。其次，国家应出台新政策，通过转移支付承担因政策原因形成的债务，这实质上也是解决“三农”问题一种有效手段。第三，中央、省市要根据地方不同的经济状况，对五保户、独生子女、农村低保、教育经费增长因素加大补助力度，对乡村两级的转移支付要足额拨付，承担国家应该承担的公共投入。
