自治区成立40年来，特别是在“十五”期间，西藏藏医药事业快速发展，取得了令人瞩目的成就。在设施建设方面，国家和自治区投资388万元，兴建自治区藏医院研究所综合楼；投资1300万元，扩建日喀则地区藏医院；投资200万元，改建林芝地区藏医院住院、医技楼；黑龙江省投资1115万元，扩建山南地区藏医院门诊楼、制剂室、药浴楼和职工周转房；浙江省投资1500万元，新建那曲地区藏医院住院部，扩建地区藏药厂。
近年来，自治区卫生厅把藏医医疗机构的建设重点放在狠抓医院综合管理、专病专科建设、拓展服务功能、提高服务质量等方面，目前，自治区藏医院已建设成为集藏医医疗、教育、科研和藏药生产为一体，具有民族特色、在全国规模最大的民族医院。2003年，该院严格按照“三级甲等藏医医院标准”，创建“三甲”医院。2005年5月，正式通过了西藏自治区藏医医疗机构评审委员会的评审，并经卫生厅审核批准，成为全国首家三级甲等藏医医院。
山南地区藏医院于2003年率先通过了“二级甲等藏医医院”等级评审。昌都地区藏医院和那曲地区藏医院于2003年全面实施创建等级医院工作目标，两所藏医院对照《西藏自治区藏医医院分等标准》，对软硬件、基础设施建设加大投入，注重和加强医院综合管理、人才培养和科学研究，不断提高管理水平、技术水平、服务质量和科研能力，切实加强职业道德建设和行业作风建设，转变服务理念，树立良好的医德医风，使医院管理进一步规范、特色进一步突出、功能进一步齐全、设备进一步先进、服务进一步优良，创等级医院取得了可喜的成效。目前，两所藏医院的“创甲”通过了地区级专家的实地评审，已进入等级评审最后冲刺阶段，将迎接西藏自治区藏医医疗机构评审委员会的正式评审。
随着藏医医疗机构的蓬勃发展，不断提高藏医药学术水平、科研能力和临床研究能力，为自治区特色支柱产业之一的藏药产业的发展注入了强有利的动力。目前，西藏有283个国药准字号藏药品种，其中20个品种被列入国家中药保护品种，31个品种被列入《国家基本药物品种目录》，24种藏成药被纳入《社会劳动保障基本用药目录》，216种藏成药和230种藏药材被列入国家标准，200种藏成药和137种藏药材被列入部颁标准。自治区藏医院藏医药研究所对四种新药的制剂工艺、质量标准、治疗效果、服用方法等各方面进行改进和提高，获国家级新药证书，另有2个品种的新药开发已获国家新药临床试验批件。
2004 年，西藏藏药生产企业的藏药总产量达到1090 吨，完成工业总产值4．25 亿元。
