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1642年，葡萄牙殖民者入侵帝汶岛。与此同时，荷兰殖民者也占领了帝汶岛周围的各大群岛。1859年，葡荷达成“瓜分帝汶岛”的条约，帝汶岛东部划归葡萄牙统治，西部归荷兰。
1975年，葡萄牙殖民者从东帝汶撤出。同年12月，印尼军队占领东帝汶。
1976年，印尼单方面将东帝汶划入印尼版图，将其视作它的第27个省。在印尼统治期间，约有20万东帝汶人丧生于印尼的军事镇压和饥荒。
1978年，澳大利亚承认印尼对东帝汶的统治，成为世界上第一个也是惟一一个承认印尼对东帝汶统治的国家。包括联合国在内的国际社会大都不承认印尼对东帝汶的统治。
1998年，亚洲金融危机使陷入内外交困的印尼前总统苏哈托被迫下台。1999年1月，新总统哈比比突然改变对东帝汶的政策，宣布如果东帝汶不愿接受自治，可以允许东帝汶独立。哈比比此举引起了印尼国内新一轮的流血冲突。
1999年8月30日，在联合国的监督下，东帝汶举行全民公决，45万名东帝汶人参加了投票，其中78·５%的人反对将东帝汶作为印尼的一个自治省，认为应当结束印尼长达23年的军事统治。由于公民表决引发冲突，当年10月，联合国维和部队进驻东帝汶。
2002年4月14日，古斯芒当选为东帝汶首任总统。
2002年5月20日，东帝汶独立建国。
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