日本的税制非常复杂，但没有单独的农业税制。农林水产业同其他产业一样，按照全国统一的税赋标准交税，但这并不等于日本政府不给农民在税收方面的照顾和支持。实际上，日本政府为了支持农业的发展，在税制和农业补贴方面制定了相当优惠的政策，使日本农业处于一种十分完善的保护之下。
在日本，与农民关系比较密切的税种主要是与土地有关的税，但这类税并不是单为农
民制定的，对与土地有关的城市居民和法人同样适用。不过，农民可以享受某些优惠。例如，有关遗产税的法律规定，继承农业用地，并继续将土地用于农业生产的继承人，如果遗产税的总额超过土地的交易价格，超过部分可以延期交纳。而且，如果该继承人死亡或者连续从事农业20年以后，未交纳的税款可以免交。再如，土地税根据土地的法定价格按比例征收，并根据不同的用途确定不同的税率，通常情况下，为地价的3％。但是，土地税只向土地所有者征收，租地农民只交地租而不需交纳土地税。
此外，在其他诸多税种中，一旦涉及到农业问题，日本政府也会对农业团体或农民个人实施特殊的优惠政策。从事农业的企业或个人可以在法人事业税、法人所得税、个人事业税、个人所得税、继承税和赠与税等方面得到优惠。例如，对林业、矿产采掘业和农业合作法人从事的农业，不征收法人事业税。
为了促进日本农业的发展，日本政府还采取了一些其他的优惠措施，其中包括：加快农业结构改革；鼓励城市居民到农村落户，培养农业专门人才；保护森林，简化森林所有权的转移和登记手续，减免所需费用；促进水产合作组织的合并等。例如，并购亏损的农协或渔业协会，可以减免企业事业税和法人所得税以及财产的登记注册税等。日本还通过提供税收优惠来加强食品安全工作。例如，日本有关方面根据《疯牛病对策特别措施法》制定的《饲料安全法》规定，按照饲料生产安全标准购进新设备，可以加大、加快设备的折旧。
实际上，日本对农业保护的主要措施不是在税制方面，而是在农业补贴方面。据世界贸易组织公布的调查报告，日本对农业的补贴已经超过了农业的收入。20世纪80年代以来，日本政府每年用于农业方面的补贴总额都在4万亿日元以上。经合组织发表的调查表明，2000年，日本对农业的补贴已经达到了国内生产总值的1．4％，而同期的农业收入仅占1．1％。日本农业生产者收入总额中有60％来自政府补贴。日本还对山区和半山区的农民实行直接支付补贴的政策，仅此一项，日本政府就要拿出700亿日元的资金。日本政府对农业补贴最多的农产品当属大米。2002年，日本用于限制大米生产的补贴就高达5500亿日元，这笔资金还不包括对生产出的大米的补贴。
近年来，在有关国家的强大压力下，日本逐步开始改革农业政策，扩大市场的开放度，并减少对粮食的直接价格补贴，但在农业资源环境养护、培养农业人才、农业基础设施投入、种植结构调整、乡村建设等方面仍不断加强财政支持力度，以保持日本农业的持续发展。例如，农民如果建设和改造农业生产设施，从政府获得的财政补贴可达到投资额的65％到85％。 新华社记者乐绍延
