从7月初，克里姆林宫就盯上了霍氏。7月2日俄警察局逮捕了其主要合作伙伴列别杰夫，罪证是一起已经了结的国有资产欺诈案。此后，俄罗斯总检察院指控霍氏管理的尤科斯石油公司涉嫌偷税漏税、转移资产甚至谋杀案件。7月4日，俄总检察院还传唤了霍多尔科夫斯基。一周后，俄警察突击搜查了该公司位于莫斯科的办公室。据报道，目前尤科斯公司总部周围布满了警察。
分析家普遍认为普京是克里姆林宫追查霍氏的幕后支持者。但是，普京一直拒绝就此，只是含糊地表态说，国家必须打击各种经济犯罪。
7月23日的审判结果进一步表明，克里姆林宫要追查到底的意图。莫斯科法院对列别杰夫进行了秘密审判，结果是以其可能潜逃为理由拒绝他提出的保释请求。而分析家认为，真正的理由可能在于他是霍氏的重要帮手。因此尽管他有高血压，仍然要呆在冷冰冰的监狱里。
美国传统基金会驻莫斯科代表叶夫根尼·沃尔克分析说：“他们(执法当局）要告诉人们，在大选前，谁是真正的‘老板’。”法国《世界报》的一则报道评论说：“在距离杜马选举不到6个月的时候，普京政府的态度开始变得强硬。霍氏卷入司法纠纷，说明克里姆林宫下决心要砍断那些有政治野心并且威胁到现政权地位的商人们的羽翼。”
和克里姆林宫关系密切的资深分析家马尔科夫认为：“危机正在加深，如果霍氏不低头，下一步就是他整个帝国的毁灭。他斗不过克里姆林宫。”而且，其他富豪不仅不敢加入他战壕，并且还挖他的墙角，正在和美国联系瓜分尤科斯公司倒台后的生意。
