2000年9月4日 雅加达一处证券交易所发生爆炸，导致10人当场死亡，46人受伤。

　　2000年12月24日 至少9枚炸弹在印尼国内多处基督教堂发生爆炸，致使19名正在欢度平安夜的印尼人死亡，数十人受伤。

　　2001年7月22日 雅加达市内多处基督教堂发生连环爆炸，导致64人受伤。

　　2001年8月1日 一枚炸弹在雅加达市中心繁忙的商业区发生爆炸，导致5人受伤。

　　2002年6月6日 印尼中苏拉威西省一辆公共汽车发生恐怖爆炸，导致4人死亡，17人受伤。

　　2002年7月27日 印尼东部马鲁古省省会安汶发生爆炸事件，造成54人受伤。

　　2002年9月5日 安汶一处体育馆发生恐怖爆炸，造成4人死亡，十多人受伤。死者中包括3名十多岁的女运动员。

　　2002年10月12日 印尼著名旅游胜地巴厘岛发生连锁爆炸事件，导致202名游客死亡，其中大多数为外国游客。警方事后将恐怖事件制造者锁定为一个名为“伊斯兰祈祷团”的组织。

　　2002年12月5日 印尼东部城市望加锡的麦当劳快餐店发生恐怖爆炸事件，造成3人死亡，11人受伤。警方事后逮捕了20多名嫌疑人，认为他们与巴厘岛爆炸案有牵连。

　　2003年4月27日 雅加达国际机场发生爆炸事件，11人受伤。

　　2003年8月5日 雅加达万豪大酒店发生恐怖爆炸事件，导致13人死亡，150人受伤。

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