2001年12月：美国空袭阿富汗境内的托拉博拉山区，美军坚信包括拉丹在内的“基地”高层藏身于此。其间，时任“基地”军事领导人、“基地”三号人物的穆罕默德·阿提夫被美军击毙。

　　2002年1月：美国方面将其拘捕的塔利班及“基地”可疑分子送往古巴的关塔那摩湾。

　　2002年3月：“基地”三号人物祖巴耶达赫在美国和巴基斯坦共同组织的一次行动中被捕。

　　2002年6月：“基地”负责征招成员的海达尔·阿尔·海利被摩洛哥警方逮捕。

　　2002年9月：巴基斯坦警方逮捕“9·11”主要策划人拉姆齐·比纳尔谢赫。

　　2002年11月：一辆据称载有“基地”重要成员的轿车在也门境内被美军导弹摧毁，6名“基地”成员被炸死。同月，美国逮捕“科尔”号爆炸主谋纳什瑞。

　　2003年1月：阿里·哈桑·阿尔·米亚德被捕，美军认为他是“基地”内部负责征召成员并管理资金流向的高官。

　　2003年3月：“基地”三号人物、“9·11”主谋哈立德在巴基斯坦被捕。

　　2003年7月：伊朗据称逮捕了一批“基地”高层官员，其中包括拉丹长子萨义德、“基地”发言人苏莱曼·阿布·盖斯，以及新任基地三号人物的赛义夫·阿尔·阿德尔。