首先是“基地”组织的头领曾经到过日本。日本媒体今年6月16日曾经报道称，9·11恐怖袭击事件主要策划者、“基地”组织三号人物哈里德·沙伊赫·穆罕默德20世纪80年代曾在日本停留数月，学习如何挖掘在阿富汗作为地下堡垒使用的岩石洞穴。

　　其次是“基地”成员曾在日本采购过大批的改装炸弹用的无线电定时设备，熟悉日本制造炸弹器件的漏洞。据日本共同社的消息，一名“基地”恐怖组织的高层成员曾于1995年在日本购买了整整1000套可以用于改装成炸弹定时装置的无线电设备。共同社还援引日本安全部门的消息来源说，西方国家的情报部门发现，“基地”组织曾于1995年前多次派人前往日本购买他们所需的设备。

　　第三是“基地”成员曾到日本的公共设施踩过点。据报道，一名“基地”高级头目于2000年潜入日本，直到第二年“9·11”事件发生前夕，他才离开了日本。此人潜入日本的主要目的很可能是为恐怖活动筹措资金并在日本国内寻找合作者。

　　第四是据日美两国治安机关的调查显示，日美有关方面怀疑“基地”组织在日本仍可能有一定数量的支援者，国际恐怖分子很可能在日本活动。

　　第五是由于“9·11”发生后日本在阿富汗战争和伊拉克战争中的积极表现，“基地”组织早已视其为最大的敌手。