自“9·11”事件以来，由于穆沙拉夫与美国进行反恐合作，已经使不少极端组织的恐怖分子落入法网。“基地”组织重要领导人谢赫·穆罕默德就是巴基斯坦情报部门在美国情报机构的协助下在巴抓获的。阿富汗塔利班政权倒台后，数百名逃往巴基斯坦的“基地”组织成员和塔利班分子也被巴警方逮捕，并移交给美国人的。不少伊斯兰极端分子和恐怖分子因此多次扬言要暗杀他。今年9月，阿拉伯卫星电视台曾播放了一盘“基地”组织领导人扎瓦赫里的录像带，扎瓦赫里要求巴基斯坦人推翻穆沙拉夫的统治。

　　虽然不断受到威胁，穆沙拉夫并未因此改变自己的政策，今年11月，在美国指出有些恐怖组织改名换姓继续从事恐怖活动后，穆沙拉夫曾宣布6个伊斯兰军事组织为“非法组织”，指责这些极端组织一直试图利用宗教问题在印巴边界挑起战争。巴新闻部长拉希德16日也指出，近来印巴局势的缓和也刺激了一些宗教恐怖分子。

　　此外有分析认为，除了外部的极端伊斯兰恐怖分子视穆沙拉夫为眼中钉外，巴基斯坦政坛内也有穆沙拉夫的反对者。