恢复国内秩序，解决权力分配
摆在伊拉克新政府面前的国内难题主要有两个。其一，伊拉克国内治安状况堪忧。目前，伊拉克国内反政府武装比较活跃，萨达姆残余势力和各教派武装力量都将是伊拉克临时政府面临的长期隐患。美军不可能长期驻扎在伊拉克，因此伊拉克必然采取美军与伊拉克警察部门联合治安的方式，但是究竟哪些人可以信任，也是一个难以解决的问题。
其二，不同政治派别之间的权力分配问题。目前伊拉克各政治势力之间分歧很大，这个问题解决不好，就无法控制国内局面，甚至有可能转为内战，这又直接和第一个问题联系起来。
临时政府将遭遇合法性困境
美国交权后的伊拉克临时政府面临的最大挑战是合法性问题。伊拉克临时政府是在美军的扶持下建立起来的，因而不是民选政府，伊拉克民众能够在多大程度上接受它的统治地位，前景不容乐观。它在伊拉克国内和国际社会上都会面临合法性问题的困扰。此外，美军到底会向伊拉克临时政府移交多少权力？伊拉克临时政府有多大能力来应对伊国内的混乱局面？如果没有美军的扶持，该临时政府能否维持下去？
美伊关系面临走钢丝
临时政府需要充当美国与伊国内各政治派别的中间人角色，由于它的建立有着很深厚的美国背景，它首先必须搞好与美国的关系，否则将很难得到以美国为首的国际社会的支持；同时，目前伊国内对美国的态度是普遍敌视，因此，如果新政府和美国的关系过于密切，也将遭到国民和各教派的反对，新政府可能会因此陷入左右两难的地步，如何处理这一关系，是新政府将面临的极大挑战。
