据《中国日报》报道接过对萨达姆的司法管辖权虽然容易，但对他进行审判却有六大困难。而特别法庭负责人也承认，由于头绪众多，2005年以前都可能不会对萨达姆开审。
难点一：法律有待完善。从审判萨达姆的法律基础来看，伊拉克特别法庭表示，它将主要依据伊拉克的刑法，并参照国际法准则（如《日内瓦公约》）对萨达姆进行审判。但伊拉克的刑法及其他法律制度已经在美军占领伊拉克以后被废除，而且经过萨达姆长达几十年
的经营，这些法律是否能够全盘搬来使用也是一个问题。
不过，既然对萨达姆的审判还有“几个月”，加上美国会随时提供“法律援助”，不排除伊拉克临时政府将利用这段时间做足法律上的准备工作，将死亡的绳索牢牢地套在萨达姆的脖子上的可能。
难点二：从技术角度上来讲，证据搜集不容易。对萨达姆的审判所必须的证据搜集、证人寻找等具体的工作复杂而烦琐。虽然萨达姆已经被捕多时，但他长时间的统治在伊拉克人民心中留下了巨大的阴影。至今不少人仍然是“闻萨色变”，不愿意出来指证他。
据报道，美国和伊拉克临时政府正在力劝此次被一同移交的前政府副总理兼外长阿齐兹，希望和他达成“控辩交易”，让他出面转做“污点证人”，以换取对他本人的从轻发落。
难点三：难以找到“直接”证据。虽然美英联军一直努力搜集萨达姆犯罪的证据，美国政府还在今年的3月派遣了一个由50名律师、调查员和检察官组成的庞大司法代表团赴伊拉克“整”萨达姆的材料，但一位英国高级官员对《泰晤士报》表示，萨达姆相当“狡猾”，他很擅长事先的“洗罪”工作，很多事情都是由他的下级去办的，而他自己在被捕后也是把这些责任推了个一干二净。美国人也不得不承认，很难找到能够证明萨达姆对那些暴行负有直接责任的证据。
难点四：审判面临政治上的风险。美国政府一再宣称，要将新伊拉克树立成中东地区民主和法制的“样板”。对萨达姆的审判也就成了这个样板的第一次亮相，但也是一个很大的挑战。伊拉克临时政府既要保证审判的公开、公平和公正，但又不能把法庭变成萨达姆进行表演的剧场或控诉美国战争罪行的讲堂，如何掌握好这个“度”，对伊拉克临时政府来说是个很大的考验。
难点五：伊拉克法律人才并不充裕。萨达姆在伊拉克统治多年，残酷的手段使不少人对他恨之入骨，早就期盼着对他进行审判。但这方面的法律人才却不是很充裕。
难点六：安全问题非常严峻。伊拉克目前的安全形势非常严峻，各种暴力事件和恐怖袭击频繁发生，几个月以后是否能有根本的改观，达到审判萨达姆所需要的安全要求？不少分析人士对此并不持乐观的态度。审判中的安全要素包括了法官和检察官的安全问题、被告的安全问题以及辩护律师的安全问题。在特别法庭高达7500万美元的预算中，安全方面的花费就占到了一半。沙拉比一再强调，他最担心的就是法官和被告人的安全，以及被告越狱的可能性。
作为特别法庭中唯一公开身份的人，沙拉比过上了连萨达姆也不如的“流亡”生活。据悉，他已经受到过无数次的死亡威胁。为了保护他的安全，除了24小时不间断的贴身保镖外，沙拉比东躲西藏，甚至不能在同一个地点连续睡上两夜。
