阿拉法特目前面临着巴勒斯坦政府的内部危机，他在指任他的侄子主管安全机构的决定，引发了一场不小的政治地震。
巴自治政府总理库赖17日提出辞职，但阿拉法特当天即拒绝了库赖的辞呈，并在18日和库赖举行会谈。参加这次不同寻常会谈的部长萨伊布·伊拉卡特说，会谈内容涉及阿布·阿拉的退任以及目前政府面对的安全危机。虽然阿翁极力挽留，但消息人士说，库赖辞职的
决心并没有改变。
16日，加沙地带发生了一系列绑架事件，加沙南部军事指挥官阿布·阿鲁拉、加沙地带警察部队总司令卡兹·贾巴利和4名在巴勒斯坦从事人道主义援助工作的法国公民均遭到武装分子绑架。
加沙预警部队司令拉希德·阿布·谢巴克以及巴勒斯坦情报局长艾敏·辛迪随后向阿拉法特递交辞呈，以“抗议阿拉法特迄今尚未同意授权他们制止加沙的混乱状况”。巴勒斯坦安全部门17日凌晨宣布加沙进入紧急状态。
在强大的压力下，阿拉法特终于接受了由埃及提出改组巴安全部队的要求，将武装部队缩编成三支：警察、安全部队和情报部门。但与此同时，他又任命他64岁的侄子穆萨·阿拉法特为加沙安全部队司令。
阿拉法特做出的让步并没有得到加沙武装派别的认可。上万名巴勒斯坦人18日在加沙举行示威。抗议者说，阿拉法特选择他的侄子为安全部门领导人不会结束腐败或促进现状向良好的方向转变。很多游行抗议的人都携有武器。阿拉法特所领导的法塔赫组织代表也参加了抗议活动。
一些武装人员围攻并点燃了加沙地带的军方情报办事处，并释放了汗尤尼斯监狱中的在押犯。有目击者称，武装分子夺取了军方情报机构的武器。阿克萨烈士旅已经宣布对此次袭击负责，并表示这是对阿拉法特任命他的侄子穆萨担任安全主管的回应。阿克萨烈士旅发给法新社的声明说，该组织的成员已经“解散”了位于汗尤尼斯地区的巴勒斯坦军方情报办事处，并控制了办事处所在整幢大楼。声明说，该组织不会允许对穆萨的任命通过，还要求阿拉法特辞职。
分析人士认为，巴方如何应对目前面临的危机将对阿拉法特的地位以及巴以局势产生深远影响。法塔赫高级成员阿布·扎伊达指出，巴人对阿拉法特的耐心正在消磨殆尽。“阿拉法特作为巴勒斯坦人民斗争的代表人物，将永远赢得所有人的尊敬，但政府的管理方式让民众难以继续忍受。阿拉法特交出权力不过是时间问题。”
