据分析，导致此次人质死亡人数奇高的原因主要有：
一是事件发生得太突然。按照俄军与绑匪达成的协议，俄军没有攻入学校解救人质的计划。俄军准备按普京以保护人质安全为最高目标的指示与绑匪进行谈判，力争和平解决人质危机。然而3日下午1时多，当俄军根据与绑匪达成的协议，进入学校搬离几天前被绑匪打死的人质尸体时，突然响起了巨大的爆炸声，旋即那些被关押在体育馆里的人质纷纷出逃，
绑架者遂朝着四处逃窜的妇女和儿童开火，造成大量的人质死亡或受伤。由于事情来得太快，俄突击队只好仓促上阵，强攻学校解救人质。这种未协调好的解救人质方式客观上造成了人质的大量伤亡。
二是绑匪在人群中引爆了炸弹。在解救人质行动结束后，救援人员从体育馆内抬出了140具人质尸体，其中有85具是儿童。据幸存的目击者说，身上捆绑着自杀炸弹腰带的绑匪在体育馆内的人质中间引爆了身上的炸药，造成了众多人质的死亡。还有的幸存者说，他们看到一颗放置在篮球框里的炸弹因一根连接墙上的爆炸装置的电线的拉动而发生爆炸，造成了极大的杀伤力。
三是体育馆内挤满了人质。俄官方一直说此次绑架者劫持了354名人质，但据幸存的人质称，实际上被绑架的人质高达1250人。由于馆内挤满了人质，人们并肩坐着，空气闷热异常，小人质们不得不脱掉上衣。在没有饮水和食物的情况下，小人质们有的只好喝自己的尿，啃盆景里植物的树皮。在爆炸声响起后，这些儿童四处逃窜，因体育馆的各大门都被锁上，他们只得冒着枪林弹雨从敲碎了的玻璃窗中逃生，这无情地提高了人质的死亡数量。再者，连续几天没有进食进水，小人质的身体极度虚弱，因此，巨大的恐惧和拥挤踩踏也无形增加了儿童的死亡率。
