2002年

　　4月3日：印尼东部马鲁古省省会安汶发生炸弹爆炸，造成至少52人受伤。

　　6月6日：中苏拉威西省一辆公共汽车发生恐怖爆炸，导致4人死亡，17人受伤。

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　　7月27日：马鲁古省省会安汶发生爆炸事件，造成54人受伤。

　　9月5日：安汶一处体育馆发生爆炸，造成4人死亡，10多人受伤。死者中包括3名少年女运动员。

　　10月12日：印尼旅游胜地巴厘岛发生针对外国人的系列爆炸事件，造成202人死亡，至少330人受伤。

　　12月5日：东部城市望加锡的麦当劳快餐店发生恐怖爆炸事件，造成3人死亡，11人受伤。警方认为肇事者与巴厘岛爆炸案有牵连。

　　2003年

　　4月27日：雅加达苏加诺—哈达国际机场的一家快餐厅附近发生炸弹爆炸，造成11人受伤。

　　8月5日：印尼首都雅加达五星级万豪大酒店外发生恐怖爆炸事件，造成12人死亡，149人受伤。

　　2004年

　　1月10日：南苏拉威西省帕洛波的一个咖啡厅发生爆炸，造成4人死亡，3人受伤。死伤人员都是帕洛波当地人。