虽然塔利班没有在卡尔扎伊的就职日发动袭击，但阿富汗的未来对于卡尔扎伊来说并不轻松。由于历经了长达25年的冲突，阿富汗国内百废待举。分析家认为卡尔扎伊将面临许多艰难的工作，其中打击恐怖主义和反毒品是他所面临的双重挑战。
由于“基地”组织包括拉登在内的一些头目迄今仍然神出鬼没，再加上塔利班不时地制造恐怖袭击。因此，如何保护国内安全将是对卡尔扎伊的一个重要挑战。
另一个严峻挑战则是毒品问题。目前，阿富汗已成为世界上种植毒品最多的国家。2004年，阿富汗罂粟种植面积较2003年增加了64％，罂粟种植遍及阿富汗全部32个省，共计13．1万公顷。2003年鸦片贸易总额达28亿美元，占该国当年国内生产总值的60％。联合国秘书长安南曾指出，除非卡尔扎伊能够应对阿富汗境内鸦片生产和武器扩散的势头，否则“阿富汗的国民经济将被非法的毒品工业吞没”。因此如何有效而统一地消灭毒品，将是他未来5年任期中的工作重点之一。
此外，如何消除地方军阀势力的影响，加强中央政府的权力，同样是卡尔扎伊在未来5年任期中面临的巨大挑战，也同样需要他的政治智慧。据悉，卡尔扎伊将在下周宣布新政府的组成。此前，他表示将会给阿富汗人民一个既没有军阀也没有低效官员的政府。
