该联合作战计划是以双方于1997年制定的“新防卫合作指针(NewGuideline)”为契机，由两国联合计划商讨委员会(BPC)制定而成。当时的日本自卫队参联会事务局局长及驻日美军司令官分别作为双方代表参加了该联合作战计划的制定。
――美日“5055”联合作战计划的主要内容：
“5055”联合计划是自美国遭受“9·11”恐怖攻击以后，美日两国间的第一个经过双方签字认可的现役的联合作战计划，其主要内容包括：日本自卫队可以直接对美军进行支援，包括搜索、救援遭到攻击的美军。可以向美军前沿基地及美军的补给基地、港湾等薄弱环节提供安全保护。在该计划中，日本自卫队还选定了包括美军驻日基地及日本海沿岸核电站在内的135个战略目标作为重点保护对象。韩半岛一旦发生“有事”时，日本自卫队将会命其护卫舰及巡逻机处于待命状态，并随时奔赴日本核电站等重点保护目标附近海域执行反渗透作战任务。同时确保能够迅速展开扫雷作业以保证连接韩国及日本北九州间航线的畅通。日本航空自卫队派出早期空中预警机搜集相关情报，必要时日本还将派遣C-130军输机协助转移朝鲜半岛的难民。
――在制定过程中双方的意见
在该联合作战计划的制定过程中，美日双方的意见并非完全一致，比如在情报方面。假定朝鲜派遣数千名特工向日本沿海一线渗透，这时美军经过情报分析可能认为，向日本沿海进行渗透的朝鲜特工最多也不过数百名，当双方的意见出现不一致的情况下，日本自卫队将独立展开作战行动来应对。
日本“朝日新闻”还分析称，以此为契机，日本自卫队已将作战重点移向了针对朝鲜特工的反渗透作战和反游击战，因此在每年都例行性修改的日本防卫计划中，日本已明确表示要将驻守北海道的20余个团中的半数移师日本首都防卫圈内以加强对该区域内的重要设施的防护。
另外，在本次自卫队兵力调整过程中，日本陆上自卫队强烈反对大幅裁员。在“新防卫大纲”制定初期，尽管日本财务省以财政开支需要为由要求日本陆上自卫队裁减4万人，但日本陆上自卫队认为，依照美日两国制定的“5055”联合作战计划，为了切实地应对大批朝鲜特工向日本渗透及反游击战的需要，陆上自卫队必须拥有足够的兵力。日本陆上自卫队指出，1996年，朝鲜曾派遣20余名特工向韩国渗透，当时韩国动用的兵力已超过了6万，而且整个搜索过程持续了50余天的时间。在陆上自卫队的强烈反对下，日本才最终决定将陆上自卫队的兵力缩减5000人。另外，“新防卫大纲”还指出，日本将创建“中央快速反应司令部”，以便在朝鲜特工通过渗透登陆日本后，日本自卫队能向事发区域迅速派遣兵力。
