为建造这座超现代化的新官邸，日本政府可谓不惜工本。为了便于首相在应急情况下紧急出动，不仅官邸顶层可供直升机起降，后院水池在应急情况下把水抽干，也可作为直升机起降平台。整座建筑物为抗震构造，足以应付阪神大地震级的强震。
建筑物外部的玻璃全部用特殊材料制成，厚约5厘米的复合强化玻璃足以抵挡枪弹射击。设在地下1层的危机处理中心具有防核攻击和防恐怖能力，兼有情报搜集中心功能，实行
24小时昼夜值班。宽大的显示屏上可同步显示从自卫队侦察机和海上保安厅巡视船发来的图像。靠现代化的信息收集手段，首相稳坐官邸内就可同时应付多种紧急事态。为加强安全保卫工作，从新官邸的大门口到各层的楼梯口，全部设有通行卡识别器，包括首相在内，进出官邸的各类人员都必须佩戴加有集成电路芯片的身份证明卡。识别器认卡不认人，每天上班高峰时，新首相官邸门前排起长队是常见的一景。
由于追求完美与超前，新首相官邸每平方米造价约174万日元，创下日本建筑造价之最。然而目前遭非议的还不是造价问题，而是新首相官邸的隐秘性。小泉首相曾经主张，要把新官邸建得更加开放、透明，以增加透明度，然而事实恰恰相反。与旧官邸相比，常驻首相官邸的各媒体跟班专访记者的活动范围大大受到限制，首相办公室所在的5楼更被定为禁区，严禁记者入内。宗欣
