自“9·11”事件后，美国政府迄今为止已经抓捕了数十名“基地”组织领导人，如何对他们进行处置是目前摆在布什政府面前的一个难题。
到目前为止，只有扎卡里斯·穆萨维因涉嫌参与“9·11”劫机而受到指控，其他被捕的“基地”组织成员都未受到任何相关的指控和审判。在去年的美国大选结束后，布什内阁的多名高级成员提出了这个问题。国务卿赖斯在日前举行的一个内阁会议上指出，美国政府
不能对这些被捕的“基地”恐怖分子进行无限期关押而不审判。
美国政府此前曾打算把这些“基地”组织成员推上军事法庭进行审判，但去年11月，美国联邦大法官詹姆斯·罗伯森裁定，美国政府为恐怖嫌犯设立军事法庭是违反美国宪法的行为。据报道，美国国防部的官员目前正在对这些被捕嫌犯的有关证据进行重新审核，以期在今年年底之前将他们推上法庭受审。据一位知情的国防部官员说，美国政府不会采取“纽伦堡式”的集体审判程序，而是对他们进行分别起诉和审判。
为了避免引起司法纷争，美国参议院司法委员会的律师们提出一个解决办法，他们建议成立一个“外国情报监督法庭”，组成该法庭的法官在使用通过“特殊”途径获得的证据方面可以拥有更大的自主和决策权力。
此前，美国政府对“基地”组织三号人物阿布·法拉杰·利比的被捕欣喜若狂，称其是自“9·11”事件策划者哈立德·穆罕默德2003年被捕后迄今为止抓获的最高级别的“基地”组织成员。据美国和巴基斯坦情报官员说，利比有可能是极少数几个可以与“基地”组织最高头目本·拉丹进行直接联系的人，如果他可以老实交代，美国追捕拉丹的行动无疑将取得突破性进展。一名美国官员这样形容利比的价值：“如果利比肯开口的话，他就是一座金矿”，但据巴基斯坦情报官员日前透露，到目前为止，他们尚未从利比嘴里得到任何有价值的情报。
