尽管美国明确表示，支持日本成为联合国安理会常任理事国，但美国和日本间的分歧还是明显可见的。它主要体现在以下几个方面：
1.美反对6月强行表决增常草案美国国务卿赖斯曾表示：“联合国面临许多改革，我们认为安理会改革肯定需要考虑，但在所有各方达成共识前需要冷静和深思熟虑的磋商。”因此美国明确反对在6月对“四国联盟”强行推动的联合国安理会改革方案进行投票表决。
2.美国不支持四国一起入常美国官员曾表示，美国只支持日本一国入常，美国特别反对德国入常，有官员甚至表示，即使“四国联盟”经过努力最终让联合国大会对安理会扩大的方案进行投票表决，美国也可能会投下反对票。
3.美国反对新增国家拥有否决权据美国媒体披露，美国政府曾警告日本等四国，除非同意不要求否决权，否则美国不会支持这几国成为联合国安理会常任理事国。分析人士表示，如果四国拥有否决权，现有五常任理事国，包括美国的权力将遭严重稀释。这是五常任理事国都不愿看到的结果。如果四国拥有否决权，那将意味着，美国今后要通过一项决议，需要劝更多的国家不要动用否决权。此外，如否决权过度扩展，安理会将陷入瘫痪。这些情况当然是希望控制安理会的美国所不愿看到的。
4.美国的联合国改革不是“增常”分析人士表示，美国与日本在“增常”上发生分歧的根本原因是美国想借此机会主导联合国，因此任何可能威胁自己在联合国地位的改革它都会反对，包括四国的“入常”举动。美国官员也曾表示，“联合国面临其他更重要的改革，比如精简管理机构。相比之下，安理会的扩大是次要的。”而日本则没有看清这一点，只是一相情愿的想借助美国的力量加入，自然会感到失望。
