2000年11月，藤森因涉嫌一起重大的政治丑闻流亡日本，并从东京将辞呈文传回秘鲁。他于同年12月被授予日本国籍，使秘鲁要求将其引渡回国的计划落空。2002年3月8日，秘鲁司法部长阿尔瓦拉多宣布，国际刑警组织已发出逮捕秘鲁前总统藤森的通缉令，并称藤森被指控犯下的谋杀、伤害和绑架等罪行已构成了“对人类的犯罪”。
欲重返秘鲁参选总统在被逮捕之前，藤森本人在智利发表一份书面声明说，“我只是
在智利临时停留，这是我重返秘鲁的开始。我要恪守我对秘鲁人民所作出的重要承诺———他们要求我回到秘鲁参与2006年的总统选举”。在上个月，藤森曾公开表示，尽管秘鲁政府针对他作出了21项罪名的指控，但他仍然要角逐2006年的总统选举。
日本竭力维护眼下，最关注藤森被捕一事的恐怕是日本。因为日本政府多次表明了他们在藤森问题上的立场。相信东京会动用一切力量来迫使智利政府放弃引渡的想法，从其因为未能“入常”便威胁要削减会费便不难想像日本政府可能采取的一切举动。几年来，秘鲁政府一直在努力要求日本政府引渡藤森，并为此曾上书海牙国际法庭，要求国际法庭向日本政府施压，迫使其向秘鲁引渡前总统藤森，但这一要求多次遭到了日本政府的断然拒绝。（国广）（子琦／编制）
