由日方引起的此次韩日海上争端核心问题在于两国间的独岛主权归属。韩日两国围绕距韩国东部海岸约200公里的独岛主权产生的争端持续了半个多世纪。近年来，韩日独岛争端更有激化的趋势。尽管日本宣布将进行勘测的海域未将独岛包括其中，但其地理上的临近性足以引起韩国警觉。
日本宣布勘测的海域与韩日200海里专属经济区的归属也有密切关系。《联合国海洋
法公约》1994年生效后，韩日两国分别于1996年宣布设立200海里专属经济区。由于韩日间的海域不够400海里，两国间200海里专属经济区的划分存在争议。特别是独岛的归属直接影响韩日两国专属经济区的划分。1998年11月，韩日签订的渔业协定避开了专属经济区的争议，将独岛附近有争议的广阔海域设定为“中间水域”。日本此次要勘测的海域绝大部分处在两国“中间水域”的位置上。日本未与韩国磋商在“中间水域”单方面设定勘测区，引起韩国的不满。
长期以来，韩日还对两国间海域的冠名权存在争议。日本方面将朝鲜半岛以东、日本西北的大海称为“日本海”，韩国方面则强烈反对“日本海”的称谓，坚持称其为“东海”。韩国方面还向国际机构提起申诉，要求将“日本海”改为“东海”，并在争议解决前以“东海－日本海”并称。
据日本《产经新闻》报道，日本决定勘测竹岛（韩国称独岛）附近海域与海洋冠名权有关。韩方认为，日本这一决定的目的在于赶在今年6月有关海域冠名问题的国际会议在德国举行之前，先行对这一岛屿附近海域的海洋航道等冠以日本名称，以便在海洋冠名权问题上争夺主导权，同时借海洋冠名权问题继续觊觎这一岛屿领土和韩国的海上专属经济区。均据新华社（短信代码：40770401）
