因为骚乱，刘玉臣原定的任务期满撤离计划被迫取消并暂定延长一个月，他被抽调到东帝汶警察总部的国家指挥中心，负责配合指挥中心的内部运作及收集、汇总情报信息。令人意料不到的是，就连被认为最安全的警察总部也遭到了政府军的围攻，刘玉臣险些命丧于政府军的枪下。
5月25日，政府军对警察总部进行了围攻，双方进行了激烈的交火，机关枪和手榴弹
一并向总部袭来，总部大楼危机四伏。此时，刘玉臣和5名联合国警察被围困在总部大楼内，大家隐蔽在楼里等待援军。联合国驻东帝汶办公室派出维和军事培训顾问和维和警察代表与当地军队首脑进行谈判，当地军方同意当地警察在放弃武器的前提下，由联合国驻东帝汶办公室派出的维和军事培训顾问和维和警察代表护送其至联合国驻东帝汶办公室驻地。在护送期间，当地军方的两名军人违反谈判协议，向手无寸铁的当地警察行进队伍开枪扫射，造成9名当地警察死亡、27人受伤，其中还有两名是维和警察。当时刘玉臣也身处其中，面对流血和死亡，刘玉臣顾不上危险，马上投入到救援工作中，搀扶受伤较重的来自菲律宾的维和警察到驻地诊所，接过沾满鲜血的外衣、对讲机、照相机、钱包、护照代为保管。作为唯一的维和警察代表，他亲自将3具当地警察尸体搬运到联合国的面包车上，驾车到帝力国家医院将尸体送至冷柜中保存，在返回联合国驻东帝汶办公室驻地途中，又成功护送两名维和警察一同到达驻地，回到驻地后，他所在的办公室里已经挤了大约60名当地警察。忙完了一天的工作，拖着疲倦的身躯刘玉臣刚想休息，晚上，警方收到情报，政府军将袭击警察总部大院，刚刚松口气的刘玉臣马上又紧张地准备应急措施。他们秘密成立一个将近20人的保卫小组，由军事人员提供武器，进行彻夜巡逻和警戒。
26日早上，联合国特使决定将所有当地警察移送至相对安全的地区，刘玉臣负责登记与报批移动审批工作，因为报批该表是所有当地警察能够登上直升机的前置程序。当联合国直升机将第一批25名当地警察运走时，当地军方获得了信息，几名手持冲锋枪的当地军人在驻地外徘徊，在直升机第二次试图降落时，他们向直升机开枪以阻止直升机运送当地警察。联合国的对讲机电台里紧急通知，驻地外的当地军人大有冲进驻地的趋势。当时所有人都清楚，他们一旦冲进来，当地警察将是攻击目标，因为联合国人员并未配备枪支，联合国安全部门仅有的几把手枪根本不足以抵挡。大部分联合国人员集中在相对安全的地方。当地警察更是惊恐万状，躲在办公室里默默祈祷危机早些过去，援兵早点到来。看到办公室里的维和警察逐渐减少，刘玉臣义无反顾地穿好防弹衣，继续登记当地警察移动审批表，庆幸的是，当地军人最终并未冲进驻地，联合国直升机又于当日下午及次日分3次将100多名当地警察护送到首都机场安全地区。30分钟后，澳大利亚士兵来了，危机解除了，大家见到澳大利亚的士兵，如见到亲人一般，欢呼、拥抱。
