对于“阴谋论”者的观点，美国国家标准和技术研究所和一些主流科学家表示，不想与之争论，以免给这种观点提供没有根据的可信性。但是，也有些科学家担心该组织的学术背景使“阴谋论”能得以发展。
为此，加拿大一名化学家写了好几篇论文来反驳“阴谋论”者的观点。他说，“阴谋论”是科学，但是被政治动机所推动，需要用“斧头来削减”，因为它并不是真正的科学
。
美国“大学教授协会”秘书罗杰·鲍恩说，大学教员们可以在课堂外表达任何观点，但是，学术自由是伴随着学术责任的，这要求教授们讲授事实，而这些事实并不包括“阴谋论”等。
批评家们认为，“阴谋论”使用了真科学的语言和格式，所以看起来似乎有可信性。他们认为，其他任何一个解释也比铝热剂导致大楼倒塌的说法更有可能。琼斯所称的铝热剂实际上是飞机上的铝。美国国家标准和技术研究所则在报告中描述说，大楼倒塌是底层开始倒塌后引起的连锁反应。
目前，威斯康星州官员称不会认可巴雷特的观点。该州教务长警告巴雷特要降低论调，并威胁说如果巴雷特继续在学校里传播这种观点的话，他将重新考虑是否允许巴雷特教课。而扬伯翰大学物理系和工程学院已发表一份声明，宣布和琼斯的观点划清界限。
至于伍德，她去年没有获得职位，她认为这至少与她所持的“阴谋论”观点有关，但是校方否认了这一指责。伍德说：“学校的大部分课题与一些政府的研究实验室有关。因此揭露真相对职业生涯来说代价太大。但是我的选择是真相更加重要。”她还说：“如果我们受过更高的教育，努力鼓励批评想法出现的话，我们为什么还要说‘相信这种观点因为其他人都相信它’的话呢？”
