对于大多数保密行政区来说，苏联的解体就像从天堂到地狱一样的噩梦，来自国家的财政支持锐减，科研人员几个月都领不到工资，人们的生活一落千丈，一位当地人辛酸地说：“我们也就是能勉强活着，很多人许多年都没见过钱是什么样了，我们甚至没有钱让自己的孩子体面地去上学。”
此外，受国际局势影响，军工产品出口也连年锐减。这造成大量军工企业入不敷出
，无法支付工人工资，有些甚至陷入停产或半停产状态，这种状况严重危害了俄国防安全。1997年，负责退役核潜艇拆卸的一家造船厂的300名工人甚至为讨回拖欠10个月的工资封锁了西伯利亚铁路。
为使保密行政区摆脱困境，俄政府于1992年出台了《保密行政区法》，从财政上给予保密行政区大力支持。1998年，俄政府对该法进行了补充和修订，给予保密行政区更多的税收优惠政策，于是一些石油公司、钢铁厂、啤酒厂纷纷到这里落户，保密行政区一时间成了企业规避税费的乐园，俄财政部长库德林甚至形容说“保密行政区事实上变成了经济犯罪中心”，据统计，2003年保密行政区的登记企业共拖欠税款40亿卢布。目前，俄政府已同意保密行政区引进外国资本，而事实上很多保密城市此前早已这么干了，如在俄美处理核废料计划框架内的某个保密行政区两年前便开始从美国人手里拿钱办事了。
据俄政府地区发展部长雅科夫列夫透露，目前已经有8个保密行政区申请“解密”。但对于是否要撤销保密行政区，俄罗斯国内存在巨大争议。有人说撤销保密行政区会导致当地经济崩溃和犯罪率上升，但俄总理弗拉德科夫却认为应减少保密行政区的数量，“我们在前进的道路上遇到了土墩，保密行政区就是这些土墩。我们应该限制它们的特权。”
对于“解密”，一些保密行政区里的居民不免感到几分担心，“城市开放后，秘密不存在了，城市的价值还会存在吗？”
