目前，客机失事的原因仍然扑朔迷离，而乘客生死未卜也牵动着全世界人民的心，由此引发诸多悬念：
悬念一：究竟是什么原因导致崭新客机失踪？失事客机是于9月12日刚刚从波音公司接回来的新客机，飞行时间仅为200小时，不存在设备老化等问题。此外，飞机在飞行时都有一定的航线，各国航空管理部门规定非常严格。而像波音737这样的机型更是不会发生撞机
的意外。巴西国防部长瓦尔迪尔-皮勒斯表示：“波音737-800型客机与莱格塞商务机均安装有非常先进的仪器，它安装的空中防撞报警系统使得只要有这种可能性（相撞）的时候，都会提前发出警告，而且它们发生碰撞的空域也完全在地面雷达的监控范围之内。除非是机组人员注意力不集中外，没有别的办法来解释这起空难。”
悬念二：大客机安全性不敌小飞机？如果真的发生相撞意外，那么为什么与1907次航班相撞后小飞机能平安降落，而大客机却无端失踪，难道大客机的安全性不敌小飞机？航空专家推测认为，由于小飞机自重比较小，起重性能小，因此受损不太厉害，最后能平稳降落；而大客机很可能在相撞时重要系统遭受重创，比如机翼油箱起火并发生爆炸，这样当然会导致坠机。
悬念三：是否有人奇迹生还？截至记者发稿，由于搜救工作暂停，客机下落不明，机上人员生死未卜。由于曾有农民目击发生了爆炸，倘若属实，那么155人可能全部遇难，这将成为巴西航空史上最严重的空难。当然，由于失事区域森林覆盖极为茂密，为生还创造了条件，也不排除奇迹发生的可能。
