按照警方说法，案件与当地两大家族安帕图安家族和曼古达达图家族的政治恩怨不无关系。同时在绑架案中幸免于难的4名幸存者声称，他们偷听到了安帕图安家族成员的对话，证实马京达瑙省省长安帕图安及其2个儿子是策划绑架的幕后黑手。

　　发生惨案的马京达瑙省属于“棉兰老穆斯林自治区”，该自治区位于棉兰老岛西部和苏禄群岛，是一个穆斯林聚居区。长期以来地方的穆斯林武装就想与菲律宾政府分庭抗礼，不断挑起武装冲突。不过除了武装冲突，当地的居民也都知道在马京达瑙只有一个家庭掌握地方实权，那就是安帕图安家族。

　　安帕图安家族的政治影响力在棉兰老岛可谓是源远流长，2001年就已经独霸了马京达瑙省的大权。2005年安达尔·安帕图安年仅38岁的儿子更是成了“棉兰老穆斯林自治区”的最年轻领导人。目前安达尔·安帕图安有4个妻子和30多个孩子，与其他部族通婚使得他的政治势力强大。菲律宾的政治分析家认为，安帕图安家族强大的影响力主要有两个原因，私人武装和来自总统府的支持。

　　据悉，安帕图安家族一直支持菲律宾统一，反对当地穆斯林独立，并积极帮助菲律宾总统阿罗约稳定当地局势，因此阿罗约一直对安帕图安家族青睐有加。阿罗约曾经形容老安帕图安是“最珍贵盟友”。在2004年总统大选中，安帕图安让阿罗约几乎取得全省所有选票。在其中一个城镇，阿罗约的对手甚至连1票都得不到。

　　菲律宾的宪法已经明确禁止私人武装，但2006年为了打击南部地区的穆斯林武装，总统阿罗约开了一个口子规定当地官员可以准备武器打击武装分子。据一位军官透露，安帕图安家族至少有200名忠于他的武装人员和20辆左右装备机枪的武装皮卡汽车。这些武装人员还可以向菲律宾国家警察购买枪支。

　　而曼古达达图家族是当地的第二大政治家族，已经具备了通过选举与安帕图安家族分庭抗礼的实力。“曼古达达图家族与总统的关系也不错，同时有选民的支持。”该分析人士指出，曼古达达图家族试图准备在明年5月举行的省长选举中推翻安帕图安家族在该省的统治。

　　菲律宾大学伊斯兰研究学教授朱勒基普利·瓦迪怀疑，政府因南部政治家族在选举中拥有强大影响力而不敢轻易削弱他们的势力。“由于缺少可行的政治制度，强者掌控局面，”瓦迪说，“政府中各大政治群体和个人眼下支持军阀，尤其在选举期间，因为他们仰仗大(政治)家族投票。”

　　菲律宾南部武装自上世纪70年代以来活动猖獗，迄今致死大约12万人。菲律宾2007年选举期间南部相对平静，但仍造成大约130人死亡。