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首先，他面临着如何建立稳定的政权的问题。
由于自民党在国会中不占多数，因而必须与其他政党联合执政，才能保证政府提出的有关法案在国会通过。小泉虽然不反对继续与两党联合执政，但他也曾表示，不会拒绝其他有意与自民党联合执政的政党。小泉的这番话招致公明和保守两党的不满。因此，如何协调执政党间的关系是摆在小泉面前的重大课题。
第二，如何振兴日本经济。
从1995年第一次竞选自民党总裁时起，小泉一直主张包括邮政民营化在内的结构改革。与前首相小渊惠三和森喜朗奉行的以刺激经济为优先的经济政策截然不同，他反对利用减税的手段刺激消费，也不主张增加预算。小泉的改革路线将不可避免地带来一些企业倒闭、失业率增加的阵痛。
第三，参议院选举问题。
自民党这次提前举行新总裁选举的主要目的就是为了赢得参议院选举的胜利。小泉目前在党内面临的最大问题就是能否带领自民党赢得7月份的参议院选举。小泉的竞争对手桥本龙太郎24日说，小泉之所以胜出，主要是小泉提出的“改变自民党，改变日本”的口号赢得了人心。如果小泉总裁领导的自民党在参议院选举中失败，小泉内阁恐怕也将成为短命内阁。
第四，外交问题。
森喜朗在下台之前，给新内阁留下了数不清的外交难题。其中包括：允许李登辉访问日本使日中关系紧张因批准美化侵略的历史教科书而使日中、日韩关系紧张；与俄罗斯的领土交涉问题陷入僵局；由于格林维尔号潜艇撞击日本渔船而引发的美日纠纷等等。(潘晓英)
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