美国不仅在运河区内享有主宰一切的权力，而且随时可以越界干涉巴拿马的内政。在美国的操纵下，巴拿马政局动荡 ，政变频繁，只要哪个总统不顺从美国的意志，立即会遭到推翻或暗杀。

　　二战以后，巴拿马群众要求恢复运河主权的呼声空前高涨，多次爆发大规模游行示威，要求撤除美军基地。1963 年11月，美国被迫同巴拿马政府达成协议，同意在运河区同时悬挂两国国旗。

　　1964年1月9日，美国人撕毁协议，连续几天单独升美国国旗，终于触发了震撼世界的巴拿马反美爱国风暴。3 万多名市民和学生举行了大规模的示威游行，美军竟然出动坦克和直升飞机，用机枪扫射手无寸铁的人群，造成22人死亡， 400多人受伤的惨剧。1月12日，巴拿马10万人为死难者送葬，恰里总统和政府官员也加入了游行行列。世界各国人民 声援的浪潮此起彼伏，哥伦比亚等11个拉美国家的首脑联名致函卡特总统，要求尽快废除不平等的旧运河条约。

　　在巨大的压力下，美国被迫同意就签订一项新运河条约进行双边磋商。1977年9月7日，美国终于同巴拿马政府 签订了《托里霍斯--卡特条约》。新条约规定巴拿马将以“国土主人的资格”处理有关运河的一切事宜。1999年12月 31日条约期满前，美国将撤离所有驻军，并向巴拿马政府移交运河的全部管辖权。1979年10月1日新条约生效当天， 成千上万的巴拿马人载歌载舞涌入运河区，一面176平方米、相当于半个足球场大小的巨幅巴拿马国旗在运河南端入口处的 安孔山冉冉升起。