历史的进针指向了1998年5月。由于金融危机的冲击，印尼首都雅加达爆发了大规模骚乱，执政达32年的总统 苏哈托被迫下台，副总统哈比比继任总统。

　　苏哈托下台后印尼自身的处境及其出现的变化，为解决东帝汶问题提供了一个契机。

　　自从印尼占领东帝汶后，它得到了版图扩大的满足，但也背上了沉重的政治、经济包袱。在数万名军人和政府官员常 驻东帝汶的情况下，印尼仍不能完全控制东帝汶。

　　印尼为控制和开发东帝汶所付出的代价是十分昂贵的。金融危机爆发后，印尼政府更痛感需要卸掉东帝汶这个包袱， 以便腾出手来，解决稳定国内政局和恢复经济的任务。

　　1998年6月，也就是苏哈托下台后仅一个月，印尼外长阿拉塔斯在纽约透露，印尼将赋予东帝汶以特殊地位，让 它拥有广泛的自治权。但是，印尼反对在东帝汶进行公民投票以决定其地位的主张。

　　印尼在东帝汶问题上的政策松动立即在外交上有所反应。葡萄牙同印尼之间冻结长达23年的外交关系出现了第一个 解冻的信号，双方宣布于次年1月互设外交代办处。唯一承认印尼对东帝汶拥有主权的澳大利亚表示，准备改变原来承认印尼 对东帝汶行使主权的立场，主张给予东帝汶人民自己决定自己前途的机会。

　　澳大利亚改变对东帝汶问题的态度及其以公民投票形式决定东帝汶地位的建议，使印尼受到很大触动。

　　今年1月27日，哈比比总统主持召开内阁会议，形成了统一的意见：尽可能让东帝汶在印尼管辖下实行广泛自治， 在万不得已的情况下允许东帝汶独立。哈比比总统说得更明白，我们不想到2000年1月1日还被东帝汶问题所拖累。

　　3月11日，葡萄牙、印尼两国外长在联合国秘书长主持下恢复会谈，三方同意，在东帝汶举行一次全民公决，以确 定东帝汶人民是否支持在印尼管辖下实行广泛自治。

　　在三方签署协议前后，东帝汶统、独两派作出了不同的反应，由此引发了双方新的一轮暴力冲突，造成数十人受伤。 两派冲突再起，其原因仍然是对合并与独立主张的尖锐对立。两派势均力敌，难分伯仲。统派认为，通过全民公决，东帝汶并 入印尼是必然趋势。而独立派则强调，只要全民公决是自由、公正的，那么联合国将把东帝汶从“非自治领土”名单中删除， 东帝汶失去由葡萄牙名义管理的资格，在联合国监督下建立在印尼管辖下的特别自治区。如果全民公决选择独立，印尼将承认 东帝汶脱离，联合国秘书长将协助东帝汶向独立过渡，最终建立独立国家。