1997年6月30日晚，中英两国举行香港主权交接仪式，香港回归祖国，展开历史新一页。当日，国家主席江泽民出席回归庆典，赠送写上“香港明天会更好”的提辞，祝福香港未来更美好。

　　1997年10月22日，亚洲金融风暴突而其来，股市大跌，香港经济深受打击︰企业裁员、银行挤提、百货公司结业等随之而来。特区政府随后采取系列果断行动，包括在次年动用外汇基金反击冲击港元的投机活动，此役前后共动用资金1200亿元，成功击退了国际炒家的进攻，避免香港经济出现灾难性后果。

　　1999年1月29日，终审法院对港人内地子女居港权案件作出判决，扩大了拥有居港权的港人内地子女的范围，这将导致十年内有160多万港人内地子女来港，香港社会无法承受的严重后果。特区政府依照《基本法》，提请全国人大常委会对《基本法》有关条文进行解释。6月29日，全国人大常委会依法行使《基本法》的解释权，同时，也没有影响终审法院1月29日所作出的判决。终审法院于12月3日声明认同人大释法，并要求特区法院依循人大的有关解释。

　　2001年8月24日，特区政府宣布计划在未来五年投资180亿元，建设包括大屿山度假区、西贡水上活动区、九龙文化艺术带、中区历史古迹及饮食区和海岸旅游地带等5大旅游区。另外，特区政府积极和中央政府协商，延长内地商务旅客的有效签证，取消“香港游”的配额限制，使内地来港游客数字不断上升。

　　特区第2届特首选举由2002年2月15日开始接受提名，董建华共获得714位选举委员会委员的有效提名，在无对手下自动当选第二任行政长官。

　　居权案败诉人士逾期居留的宽限期于2002年3月31日届满，特区政府采取适当的手段，逐步遣返行街纸过期的争取居权败诉人士。2002年4月25日，警方对占据遮打花园的逾期居留人士实行清场。随着坚定遣返行动的推行，逾期居留人士陆续返回原居地，居留权问题最终获得解决。

　　由2002年7月1日开始，将原来的3司、16局的政府高层架构，合并成为3司11局，全部列入问责制范围，问责制官员以合约方式聘用，任期5年，但不能超过行政长官的任期。

　　香港回归后，与内地的关系越来越密切，每年的客货流量均大幅上升。货车往往要排队数小时才能过关；周六周日、逢年过节，罗湖等管制站均塞满过境的旅客。为了解决通关问题，两地政府于年前先落实了货物24小时通关，而人员的全日通关安排，经多轮商讨，终于在2003年1月26日实现，自此香港市民在任何时间进出两地，工作生活大感方便。

　　2003年4月1 日，张国荣在中环一家酒店跳楼死亡，大批歌影迷在现场哀悼。同年12月30日，一代歌后梅艳芳亦因病去世。

　　2003年“沙士”令香港旅游业大受打击，特区政府除加强对海外宣传吸引旅客外，还向中央大力争取放宽内地居民到香港旅游。中央政府对此全力支持，宣布在8月和九月先后开放广东4市及上海、北京市民以个人游身份来港。随着内地旅客的大量南来，香港零售及饮食业迅速复苏，就业率也止跌回升。

　　CEPA于2004年1月开始正式实施，8月又公布第二阶段协议，增加713种零关税产品，并放宽服务业进入内地的限制。这不单有利香港工商业发展，并有助香港专业人士北上发展，拓展事业新领域。6月1日，首届泛珠三角区域发展论坛在港揭幕，广东、广西、湖南、四川、云南、贵州、江西、福建和海南等9省区，以及港澳两个特别行政区，亦即「9+2」，就基建、能源、旅游、商贸等范畴合作展开讨论。

　　2004年8月，香港运动员在今届雅典奥运夺得佳绩，除“乒乓孖宝”李静及高礼泽夺得乒乓男双银牌外，香港伤残奥运代表团亦夺得11金、7银、1铜合共19面奖牌。

　　董建华于2005年3月辞任行政长官，人大常委会4月释法，确认补选产生的行政长官任期为剩余任期。曾荫权6月当选为行政长官，推行「强政励治、福为民开」的施政纲领，改组行政会议，扩大策略发展委员会，广纳金融及商界精英，提升管治能力。

　　2005年12月首次举办世贸部长级会议，香港虽然为保安问题付出高昂代价，但会议取得重要进展，完成了多哈回合谈判的关键阶段，香港对自由贸易的贡献将名垂青史。同时，会议成功令香港的城市管治能力获得重大锻炼和世界认可，有助营造香港国际都会品牌，提升香港国际会议中心地位。

　　行政长官曾荫权2006年6月远赴昆明出席「第三届泛珠三角区域合作与发展论坛」，与广东、云南及湖南3省领导举行双边会谈，并通过了《泛珠三角区域旅游合作框架意见》，同意合作设计跨省区的旅游路线、加强旅游市场的开放。

　　2007年，行政长官曾荫权高票当选第三任特首。其后，他宣布重组政府架构：政策局由目前11个增至12个，增设推动大型基建的“发展局”；而原有的多个政策局在职能或架构上亦有所调整。

　　2007年，曾荫权以《香港新方向》为题，发表连任后首份施政报告，强调「进步发展观」，坚持以经济发展为首要目标。施政报告重点包括发展十大基建、强化金融中心、经贸发展、环境保护等；并提出从二○○八至二○○九的学年开始，为全港受资助学校学生，提供十二年免费教育。

　　香港特区成立10周年，特区政府组织社会各界热烈庆祝。由年初开始，各式各样的庆祝活动陆续举行，至7月1日后达高潮。胡锦涛主席亲临庆祝大会致贺，并于7月2日出席深港西部通道开通仪式。与此同时，中央向港赠送的熊猫孖宝“乐乐”“盈盈”，也于此际与市民见面。

　　2008年，政府两度出资共逾700亿，加速铁路建设。3月，政府出资374亿元兴建沙中线，开辟沙田至九龙新铁路通道。4月，政府再 出资395亿元兴建广深港高速铁路香港段，铁路完成后，香港至广州的行车时间可缩短至约50分钟。

　　2008年，四川发生 8级特大地震，特区政府支持四川灾区的恢复重建工作，7月中，政府正式向立法会财委会提交档，建议开立为数 20亿港元的承担额，注入“支持四川地震灾区重建工作信托基金”，并会分阶段向财委会申请拨款注入基金，以协助四川省严重受灾县重建公共服务设施，如学校、医院、残疾人复康中心、敬老院、孤儿院、妇幼保健院以及文化体育等设施；重点援助四川省灾区的基建，包括道路、桥梁等项目；及参与卧龙大熊猫保育区的灾后重建。

　　2009年10月29日，总理温家宝透露中央将出台5项措施，协助香港应对金融海啸的冲击，包括︰1，要求中央各金管部门和香港金管当局共同制订应对风险预案；2，进一步扩大内地居民到香港旅游； 3，及扶助中小企业；4，保障食品供应；5，加快基础建设等。

　　2009年4月18日，行政长官曾荫权在海南博鳌向温家宝总理汇报香港最新情况后公布，中央近期会推出涉及4个范畴的 6项新措施支持香港。包括：财政部和内地港资银行在港发行人民币债券，容许内地港企将香港资产抵押借贷，协助香港发展邮轮旅游等。

　　2009年，中央政府于9月28日在港发行60亿元人民币国债。这是中国国债首次在境外地区发行，也是首次在境外发行人民币计价的主权债券。财政部称，在港发人民币国债体现了中央政府对香港经济社会繁荣发展的支持，强化香港作为国际金融中心的地位，稳步扩大香港人民币债券市场规模。

　　2010年5月1日，特区政府积极参与上海世博展览，兴建主题为“无限城市──香港”的香港馆，并参加城市最佳实践区展览，超过330万人次参观。其后，香港又争取到中国馆镇馆之宝《清明上河图》电子版来港展出，60万张入场券短时间售罄，政府再推出16.8万张票满足市民。

　　8月23日，香港一旅行团在菲律宾遭劫持，团员8死 7伤。政府当即成立应变小组，对菲发黑色旅游警示，派出两架包机接载死伤者，并要求菲当局作公正严肃调查。港警务处以国际警务合作方式参与调查事件。港府定8月26日为全港哀悼日，并为死伤者提供一切善后协助。

　　中央政府批准港人在内地的“超龄子女”来港定居的新安排，善用每日150 个单程证余额，利用剩余名额，容许港人在内地年满14岁的“超龄子女”于2011年4月1日起，分批、有序地申请单程证来港定居，与家人团聚。

　　2011年5月4日，教育局推出《德育及国民教育科课程指引》（咨询稿），并随即举行8场咨询介绍会，对学界进行广泛咨询。咨询文件，提出新增为中小学必修科，课程涵盖个人成长、家庭与社群观念、国民身份认同与国情发展，以至人权、民主等世界核心价值等。

　　2011年8月16日，国务院副总理李克强访港，带来36项中央挺港经济社会发展措施，期望在“十二五”期间为特区政府带来新的发展机遇，以推动香港的整体发展。政策包含 6 大方面 36 项措施，涵盖经贸、金融、民生、旅游、运输及其他领域。

　　2012年3月25日三名候选人分别竞逐香港第四届行政长官，选举由1200名选委以不记名方式投票产行，其中共有1132张有效票，三名候选人分别得票为：梁振英得689票，唐英年得285票，何俊仁得76票。梁振英以57%得票率当选。

　　2012年4月，候任特首梁振英高调要求私家医院明年停收双非孕妇，食物及卫生局长周一岳响应做法，表示公立医院2013年停收双非。因此 2013年分娩的内地孕妇将不能获得卫生署发出的预约确认书，她们来港产子的机会是“零”。