按照中共中央、国务院《关于进一步加强农村卫生工作的决定》和《关于建立新型农村合作医疗制度的意见》，内蒙古自治区办公厅印发了《内蒙古自治区新型农村牧区合作医疗管理暂行办法》。2003年12月，自治区政府召开了全区新型农村牧区合作医疗暨试点工作启动会议，确定从2004年开始，在全区启动新农合试点工作。

　　内蒙古自治区新农合制度的建立经历了3个阶段，2004年是试点建立阶段，全区选择了7个旗县开展试点工作；2005年、2006年是试点扩大阶段，试点地区增加到39个旗县；2007年开始是全面实施阶段，新农合制度覆盖全区所有农牧业人口，统筹地全旗县数计算达到98个。

　　为了提高新农合报销比例，切实减轻群众就医负担，国家不断提高筹资标准。我区各级政府也对新农合工作给予了大力支持，自治区财政对农牧业人口在6万以下的牧业旗县人均多补助20元，各盟市、旗县也纷纷提高对新农合的补助标准，最高地区筹资标准达到人均700元水平。为确保参合农牧民尽可能多的获得补偿，扩大制度受益面，自治区卫生厅出台相关政策，建立了大病统筹与门诊统筹相结合的补偿模式，明确规定新农合基金当年的结余不得超过当年筹资总额的10%，历年的结余不得超过当年筹资总额的20%。要求各地尽量把新农合基金用到农牧民看病就医上，减轻农牧民的个人负担。通过自治区的政策引导，全区住院实际补偿比例由制度建立初期的26%上升到2011年的47%，门诊就医报销比例达到30%以上，受益面从制度建立初期的29%上升到2011年的67%。以往农牧民因负担不起就医费用而造成的小病拖、大病扛，因病致贫、因病返贫的现象得到了有效地缓解。

　　经过几年的发展，新农合制度已经深入人心，覆盖人群逐年增加，2004年制度建立初期，全区参合人数仅有76.6万人，参合率不足80%，到了2011年，全区参加新农合人数增加到1240万人，参合率达到了94%。这充分说明广大农牧民群众对新农合制度的拥护和欢迎。