南京历史上曾发生过多次大的水患。有确切文字记载的，约始于孙权定都南京后的太元元年(251)八月，长江洪水伴随大风漫溢南京城，“大风拔树三千……水深八尺”。
100年后的晋穆帝永和七年(351)七月，无情的江水再次突袭石头城，南京城“溺死数百人”。晋安帝元兴三年(404)二月的一天夜里，南京城再次遭到江涛袭击，石头城下商旅船只猝不及防，被摧毁千余艘，尸陈江面，一派惨状。
中唐以后，由于长江江岸西移，南京城的水灾大大减少。而且为阻江涛，南京沿江陆续筑起了堤坝。有数百年间基本上没有出现大的洪灾。仅于宋隆兴二年(1164)六月，南京出现过一次较大水灾，城内“操舟行市”，灾情严重。
到了明代，洪水又屡屡入侵南京，其原因往往由于连日大雨所致。明弘治十五年(1502)七月，接连数日狂风暴雨致使“江水泛溢入城五尺余(深)”。军民房宇倒塌一千多间，连孝陵内一些墙垣、桥梁也未能幸免。万历三十六年(1608)六月，南京遭遇了一次更大的水灾，大雨连下近二十日，城内一片泽国，据南京地方官给朝廷的奏折中说：“水灾异常，百姓漂没……盖二百年来未有之灾。”
清朝一代，南京水患又进入一个低潮期。入民国后，水患又趋猖獗，1921年、1931年、1935年都有大水灾发生。其中以1931年为最，这年7月，南京由于连降暴雨，引起江水猛涨，沿江堤坝多被冲垮，“淹没田亩百数十万亩……人类则与虫鸟竞争，同栖树头”。
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